| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,399,611 | C→A | 8.5% | R108L (CGA→CTA) ‡ | PP_3878 ← | minor capsid protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,399,611 | 0 | C | A | 8.5% | 336.8 / 12.4 | 106 | R108L (CGA→CTA) ‡ | PP_3878 | minor capsid protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/48); new base A (4/5); total (53/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCTGGTA > NC_002947/4399463‑4399759 | acccAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCg > 2:1174486/3‑150 (MQ=255) aCCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGAACACATCTCTACGGATGAATTTAAAAGC‑CCGACGCCGGTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGc > 1:1863970/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAg > 2:1011202/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGccc < 1:651726/150‑1 (MQ=255) gatctGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTGCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt < 1:662941/146‑1 (MQ=255) ccGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGACTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt < 2:1659744/150‑1 (MQ=255) ggTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCtga < 1:26066/150‑3 (MQ=255) ttGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGc < 1:571888/150‑1 (MQ=255) gTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTgg > 2:660037/1‑150 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGTCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGt > 2:1234696/1‑150 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGc < 1:279107/146‑1 (MQ=255) tttGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGc > 2:279107/1‑146 (MQ=255) aTCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATg > 1:2450636/1‑150 (MQ=255) aTCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATg < 2:2450636/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGtc > 1:481748/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGtctc < 1:1320417/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt < 1:1386117/129‑1 (MQ=255) gTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCGAGCAGCCCt > 2:1386117/1‑129 (MQ=255) cgGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAgg < 2:481748/150‑1 (MQ=255) ccGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGtt > 2:840311/1‑150 (MQ=255) tGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGt < 1:696163/150‑1 (MQ=255) ccgccg‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg > 2:1273224/1‑122 (MQ=255) ccgccg‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTg < 1:1273224/122‑1 (MQ=255) ccgccg‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGc > 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gccgccTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACggg < 1:2176361/150‑1 (MQ=255) gccgccTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACggg < 2:2117261/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATc > 2:143864/1‑150 (MQ=255) gggCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCAcc < 1:203779/150‑1 (MQ=255) tGTCAACGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCca > 2:1124429/1‑150 (MQ=255) cccatggTCGAACACATTGTGCTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCcac > 2:1935281/7‑150 (MQ=255) tCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGAGCCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCcaca > 1:1591923/1‑150 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACAcc > 2:2277087/1‑150 (MQ=255) aaTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGACATGGACGGGGATCACCTCCACAcc > 1:334570/1‑150 (MQ=255) aTGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTCAACAGATCGTCGTGGTCTCGCAGGCTGTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACAccc < 1:2122388/150‑1 (MQ=255) tCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAg > 1:531061/1‑87 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1:1124429/150‑1 (MQ=255) tGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgggg > 2:1126930/1‑101 (MQ=255) tGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgggg < 1:1126930/101‑1 (MQ=255) tGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTcgc < 2:1674459/150‑1 (MQ=255) aTGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCACTTAATAGCTGTTTATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCgcgg < 2:1145020/150‑1 (MQ=255) gCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGa < 2:740414/150‑1 (MQ=255) ccTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgggg > 2:494645/1‑95 (MQ=255) ccTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgggg < 1:494645/95‑1 (MQ=255) ccTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGAt > 1:1717565/1‑150 (MQ=255) ccTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGACGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGAt < 1:1065446/150‑1 (MQ=255) ttATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgg > 1:126603/1‑91 (MQ=255) ttATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACgg < 2:126603/91‑1 (MQ=255) ttCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCATTCAAGTGGCTGCCGCGACt < 2:1007118/68‑1 (MQ=255) ttCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCATTCAAGTGGCTGCCGCGACt > 1:1007118/1‑68 (MQ=255) gaaGGGCTGCGAGCAGCCCTGAATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCt > 1:781870/3‑150 (MQ=255) aaGGGCTGCGAGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCTTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGAt > 2:2336950/2‑114 (MQ=255) aaGGGCTGCGAGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCTTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGAt < 1:2336950/113‑1 (MQ=255) aGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCa > 2:701373/1‑150 (MQ=255) aGGGCTGCGAGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCa > 1:2090627/1‑150 (MQ=255) gctgctCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGcc > 1:2311983/1‑150 (MQ=255) gctgctCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGATGTTCTTCGCGGCTATCCTGCTCAGcc > 2:553902/1‑150 (MQ=255) tgctCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCTg < 2:1585962/150‑1 (MQ=255) gctCGCAGCCCTTCATAGCTGGTACTGGTCTAGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCTGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATAGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCTgg < 2:1591923/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCacac < 1:1655863/92‑1 (MQ=255) tCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCacac > 2:1655863/1‑92 (MQ=255) tCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGAGGCTAAAGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCTGGTa < 1:536350/150‑1 (MQ=255) | AACCAGGCCGGTGATTGGTTTGATCTTGGTCGCGGCCCGAATGTCCGCCG‑CCAGTTCAAAAGCGCCGACGGCGCTGCCGCCTGGGCTGTCAATGTCGAGCACAATGTGTTCGACCATGGGGTCAGTGATGGCCTTATTCAGGGCTGCTCGCAGCCCTTCATAGCTGGTCATGGTCTCGCAGGCGTTCAAGTGGCTGCCGCGACTCACAAGAACGCCATGGACGGGGATCACCTCCACACCCGTCTGGGCGATGGCGGCGCGGCGCTGTTCTTCGCGGCGATCCTGCTCAGCCTGGTA > NC_002947/4399463‑4399759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |