Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,577,923 | A→G | 6.2% | intergenic (+88/+21) | PP_4057 → / ← glgB | membrane protein/1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,577,923 | 0 | A | G | 6.2% | 435.4 / 11.5 | 147 | intergenic (+88/+21) | PP_4057/glgB | membrane protein/1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/74); new base G (6/3); total (69/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ATGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTGGCTGGCCACTTCGTCACTGGCCACCGCCCCGAGATTGCCGACATTCGACCCGGCATA > NC_002947/4577774‑4578069 | atcgctggccctgaacctgccgccgttgggggtgttgatcatgaagcccgcctgatcggttggctgtactggccccttcgcgggtaaACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGaaa > 2:2350860‑M1/88‑150 (MQ=255) aTGTGGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGaaa < 2:235601/150‑1 (MQ=255) tgtgGATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAg > 2:403052‑M2/1‑149 (MQ=255) gATGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgggcc < 2:403175‑M2/150‑6 (MQ=255) aTGACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCa > 1:1886934/1‑150 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt < 1:1034324/150‑1 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt > 1:1455258/1‑150 (MQ=255) gACAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGt > 1:1358933/1‑150 (MQ=255) cAATGACCTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgg > 2:6874‑M2/1‑140 (MQ=255) ctgccgccgttgggggtgttgatcatgaagcccgcctgatcggttggctgtaccggccccttcgcgggtaaACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCaa > 2:300221‑M1/72‑150 (MQ=255) ccTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCaa < 1:2403812/150‑1 (MQ=255) ccTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCaa < 2:1125273/150‑1 (MQ=255) cTGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAAc < 1:1711396/150‑1 (MQ=255) tGAACGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAAcc < 2:539782/150‑1 (MQ=255) cGGGTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATc < 2:901527/150‑1 (MQ=255) gggTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGAACACCAAACCgctac > 2:2352496/1‑146 (MQ=255) gggTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTAGAGGGTAAACCCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCa > 1:1013572/1‑150 (MQ=255) gTTGATTGGCAGCCTTGGGGTGCGGATGCGGTGGTAGGCAGGGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCAGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGGGCGGGGCCTTGTTAGGAGCGGCACT‑CCCGCGAAGTGTCCGGTTCAGCCAACCGagcggg > 2:2343278/1‑145 (MQ=255) 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ccGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAgggccggccctgcctaccaccgcatccgcaccccaaggctgccaatcaac < 2:823925‑M2/111‑51 (MQ=255) CCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTg < 1:2189234‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTg < 1:994128‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACACGGGTCACCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGTAGGAACGGGTCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGTg < 1:222359‑M1/150‑1 (MQ=255) cgttcctacgcaggcaccgcacccggcggtgacccgtgtaggagcgggtCT‑CCCGCGAAAGGGCCAGTACAGCCAACCGATCAGGCGGGCTTCATGATCAACACCCCCAACGGCGGCAGGTTCAGGGCCAGCGATAATGGCTGCCCGtgg < 2:1100230‑M2/101‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |