| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,774,300 | A→G | 9.2% | V1671A (GTG→GCG) ‡ | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,774,300 | 0 | A | G | 9.2% | 239.3 / 11.4 | 87 | V1671A (GTG→GCG) ‡ | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/38); new base G (4/4); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
CCCTTGGGCCGCCCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGCCT > NC_002947/4774156‑4774443 | cccTTGGGCCGCCCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGCTACGTACCCCTGccggcaccggc > 2:2082813/1‑150 (MQ=255) ttGGGCCGCCCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAgg > 1:2026459/1‑150 (MQ=255) ttGGGCCGCCCTGTGGAACCGGAGGTGAAAATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGTGCCGGCAgc < 1:1183048/150‑2 (MQ=255) gccgccCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCAGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAg > 2:1737417/1‑145 (MQ=255) gccgccCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCAGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAg < 1:1737417/145‑1 (MQ=255) ccgccCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGccggca < 2:2117771/137‑1 (MQ=255) ccgccCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGccggca > 1:2117771/1‑137 (MQ=255) ccgccCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTc > 1:786859/1‑150 (MQ=255) tgGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTAGCAAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAAtg > 2:1808777/1‑150 (MQ=255) aCCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAAtgcttg < 1:1058308/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTgctgg > 1:1806238/1‑150 (MQ=255) gaaGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAGCGTGCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCAATGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGag > 2:1971957/3‑150 (MQ=255) tAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGagc > 2:1186962/1‑150 (MQ=255) tAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGagc > 2:1755628/1‑150 (MQ=255) 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ccggTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGcc > 2:1773708/3‑150 (MQ=255) cAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGcc > 1:2355374/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGCCTGCATAGCCGGCGAGCCACATCGCGTCCTGGGCCCCGCGCGGGATACGTACCGCTGCCGGCCGCGGCCGGCGCTCCGCCGATGCTCGCTGGCTGCGCAGCACGGCGATGcc > 2:312920/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGa < 2:1768300/131‑1 (MQ=255) gTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGa > 1:1768300/1‑131 (MQ=255) 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gTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGcagcag < 1:1314573/123‑1 (MQ=255) gTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGcagcag > 2:1314573/1‑123 (MQ=255) ccACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTgctgg < 1:2294754/110‑1 (MQ=255) ccACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTgctgg > 2:2294754/1‑110 (MQ=255) ccTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCa > 2:797009/1‑150 (MQ=255) cTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGGGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCac > 2:1484862/1‑149 (MQ=255) cTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAg > 2:1148717/1‑150 (MQ=255) aGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCg > 2:100929/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTc < 1:216694/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTc > 1:1987050/1‑150 (MQ=255) gCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCg < 1:1953045/114‑1 (MQ=255) gCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCg > 2:1953045/1‑114 (MQ=255) tCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTa < 1:2033137/131‑1 (MQ=255) tCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTa > 2:2033137/1‑131 (MQ=255) ggCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATg < 2:1178779/127‑1 (MQ=255) ggCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATg > 1:1178779/1‑127 (MQ=255) ggCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTa > 2:140040/1‑150 (MQ=255) aTAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATc < 1:1755628/150‑1 (MQ=255) 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aTACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACg < 2:977414/150‑1 (MQ=255) cGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGcc < 1:1148717/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATc < 1:1251265/150‑1 (MQ=255) gccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCtt < 2:834112/133‑1 (MQ=255) gccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCtt < 2:834023/133‑1 (MQ=255) gccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCtt > 1:834112/3‑135 (MQ=255) gccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCtt > 1:834023/3‑135 (MQ=255) cGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTc < 2:802370/108‑1 (MQ=255) cGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTc > 1:802370/1‑108 (MQ=255) ccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGc < 2:1604490/84‑1 (MQ=38) ccTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGc > 1:1604490/2‑85 (MQ=38) cggCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc < 1:2082813/148‑1 (MQ=255) cTGCCGGTGCCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGCTGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc > 2:1794983/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc < 2:633033/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc > 1:81074/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc < 1:1110086/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGcc < 1:797009/150‑1 (MQ=255) gCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGCCt < 1:140040/150‑1 (MQ=255) ccggcaccggcaGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGa > 1:1582819/1‑132 (MQ=255) ccggcaccggcaGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGa < 2:1582819/132‑1 (MQ=255) ccggcaccggcaGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc > 1:1395525/1‑147 (MQ=255) ccggcaccggcaGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGc < 2:1395525/147‑1 (MQ=255) | CCCTTGGGCCGCCCTGTGGAACCGGAGGTGTAGATCACATAGGCCAGGTTGGCGAGGCGAACGTCCACCTCAGGGGCGGTGTCGGCATAGCCGGCCAGCCACTGCGCGTCCTGGTCCAGGCACAGGATACGTACCGCTGCCGGCACCGGCAGGCGCTCGGCCAATGCTTGCTGGCTGAGCAGCAGGCCGATGCCGCTGTCCTCGATCATGTAGGCCAGGCGGTCGCTCGGGTAATCCGGGTCCAGCGGTACATAGGCGCCCCCGGCCTTGAGCACGGCCATCAGGCCT > NC_002947/4774156‑4774443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |