| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,824,317 | G→C | 5.7% | S2306R (AGC→AGG) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,824,317 | 0 | G | C | 5.7% | 381.2 / 11.5 | 122 | S2306R (AGC→AGG) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/50); new base C (3/4); total (68/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGA > NC_002947/4824169‑4824465 | cgATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGc < 2:303419/150‑1 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg > 1:1480935/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcgg > 2:791496/1‑150 (MQ=255) 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aTGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTgg < 2:1196248/133‑1 (MQ=255) tGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTcagatc > 1:1107178/1‑145 (MQ=255) gCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTc < 2:1067338/150‑1 (MQ=255) gAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGTCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCa > 1:1761929/1‑150 (MQ=255) gAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCa > 2:987787/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ccacGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGACTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCACCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGATCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCa > 2:1209104/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCTGGGAGGTCGGCGGCT‑CATGCAAACTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTc > 2:328531/1‑150 (MQ=255) cTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGcc > 2:2114312/1‑150 (MQ=255) ttGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGccc > 2:1964670/1‑150 (MQ=255) ggTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAgg < 1:808839/150‑1 (MQ=255) 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gatgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTc > 1:112579/4‑140 (MQ=255) gatgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTc < 2:112579/137‑1 (MQ=255) gccgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCg > 2:503650/1‑150 (MQ=255) ccgccCGGCTGCCGCCATCGACTGCG‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg < 2:1959990/150‑1 (MQ=255) ccgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg < 1:385077/150‑1 (MQ=255) ccgccAGGATGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg > 1:1158977/1‑150 (MQ=255) ccgccAGCCTGGCGGCCTCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg < 2:2317586/150‑1 (MQ=255) cgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCgg > 2:632609/1‑106 (MQ=255) cgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCggg > 2:1817151/1‑150 (MQ=255) ggCTGGGGGCATCGTCTTCC‑GGGCTCCACGTTGCCACGCCCTGAACCCGCGCCCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCTCGCTGGCGGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGa < 2:1023842/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGa < 1:1658887/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTa < 2:2273077/117‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTa > 1:2273077/1‑117 (MQ=255) | CGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTGTAGATCAGGTAAGCCTGGTGCT‑GCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCC‑AGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGT‑GCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGA > NC_002947/4824169‑4824465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |