| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,844,263 | T→G | 5.2% | F356V (TTC→GTC) | PP_4259 → | iron‑sulfur cluster‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,844,263 | 0 | T | G | 5.2% | 367.0 / 8.3 | 126 | F356V (TTC→GTC) | PP_4259 | iron‑sulfur cluster‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/65); new base G (4/3); total (58/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CATCATGGACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCTGGACGCCGCCGGC > NC_002947/4844115‑4844412 | tcatGGACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACGTAATATTCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCg > 1:1332961/1‑150 (MQ=255) tcatGGACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCg < 2:2008371/150‑1 (MQ=255) ggACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑Ac > 2:2349328/1‑150 (MQ=255) ggACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑Ac > 1:1393486/1‑150 (MQ=255) ggACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑Ac < 2:1658620/150‑1 (MQ=255) aCAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑Accc < 1:558990/150‑1 (MQ=255) aGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGtt > 1:1551132/1‑150 (MQ=255) gATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTc > 1:355101/1‑150 (MQ=255) aTGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGGCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCg < 1:1872624/150‑1 (MQ=255) gagcTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCt > 2:1174105/4‑150 (MQ=255) gAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCt < 1:968092/150‑1 (MQ=255) tACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGTTc < 2:355101/150‑1 (MQ=255) aCCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCg > 2:944441/1‑150 (MQ=255) cccAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGAAGGCCGTCGCC‑Aacc < 1:26313/136‑1 (MQ=255) cccAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGAAGGCCGTCGCC‑Aacc > 2:26313/1‑136 (MQ=255) ccAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGtt < 2:317804/150‑1 (MQ=255) ccAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGtt < 1:944441/150‑1 (MQ=255) aaaGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTc > 2:1310164/1‑150 (MQ=255) aaaGGGCTGAACAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTc > 2:91370/1‑150 (MQ=255) aGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCATGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGa < 2:69931/150‑1 (MQ=255) ggCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACg > 1:1583484/1‑150 (MQ=255) gCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGt < 1:1174105/150‑1 (MQ=255) tGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCa > 2:2146669/1‑150 (MQ=255) 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acacCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGAcc < 1:812917/150‑1 (MQ=255) acacCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGAcc > 2:2312094/1‑150 (MQ=255) caccGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCgt < 1:1734671/150‑1 (MQ=255) caccGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCgt > 2:1359188/1‑150 (MQ=255) accGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCgtg > 2:1612644/1‑150 (MQ=255) 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gatgatgatCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAgc < 2:402475/143‑1 (MQ=255) gatgatgatCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAgc > 1:402475/1‑143 (MQ=255) atCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTAc < 1:2413776/150‑1 (MQ=255) gTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCCGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGTGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCt < 1:1051194/150‑1 (MQ=255) ttGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCTg < 2:1217234/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGCCGTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTaa > 2:972044/1‑114 (MQ=255) tGGCGAAGGCCGTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTaa < 1:972044/114‑1 (MQ=255) gACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAg > 2:1015404/1‑106 (MQ=255) gACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAg < 1:1015404/106‑1 (MQ=255) gACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTAc > 1:990866/1‑139 (MQ=255) gACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTAc < 2:990866/139‑1 (MQ=255) aggCCGTCGCCAACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCTGGAcgcc > 1:479256/2‑150 (MQ=255) cTTCGCC‑ACGCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCGCAGGGCCGGATc > 2:1038211/1‑79 (MQ=255) cTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCCGCAAGGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCTGGACGCCGCCgg < 1:1341954/150‑1 (MQ=255) cTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATc < 1:1038211/79‑1 (MQ=255) cTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCga > 2:1878630/1‑81 (MQ=255) cTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTAGACTTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCga < 1:1878630/81‑1 (MQ=255) | CATCATGGACAAGATGAACTACCCCAAAGGGCTGATCAGCTACACCACCGAGCACAACCTGTCCGGGCAGAAGACCCACATGCTGCGCCCCCGTCTGATCGGCTATGCCGTGGTACTGCTGGTGATGATGATCGGGTTGGCGACGGCCTTCGCC‑ACCCGTTCGCTGGTCGGTTTCGACGTCAGCAAAGACCGCGTGTTGTACCGCGAAAACGCCCAGGGCCGGATCGAGAACGTGTACAGCCTGAAGGTAATGAACAAGGATCAGCGCGATCACCTCTACGTGCTGGACGCCGCCGGC > NC_002947/4844115‑4844412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |