| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,949,816 | G→A | 6.3% | V191V (GTC→GTT) | fliM ← | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,949,816 | 0 | G | A | 6.3% | 275.8 / 6.9 | 95 | V191V (GTC→GTT) | fliM | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/47); new base A (3/3); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
CCTGGTCGTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACT > NC_002947/4949668‑4949958 | ccTGGTCGTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGa < 1:2349567/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGTCCATGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGAc > 2:693352/1‑150 (MQ=255) gtcgtcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAAt > 1:2008011/1‑150 (MQ=255) gtcgtcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAAt > 2:2272729/1‑150 (MQ=255) gTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCAt > 1:1553835/1‑150 (MQ=255) gTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGcccc > 2:888374/1‑148 (MQ=255) tCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGcccca < 1:888374/150‑4 (MQ=255) cGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGc > 2:1642903/1‑150 (MQ=255) 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tcatcGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTGCATGTACTCGAAGCTGACCGGCa > 1:1633120/1‑150 (MQ=255) tcGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGGTTCGCTGGGGCCGACAATGATGGCCATCACCGGGTTGACCTGGCGCATCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGa < 1:1882008/150‑1 (MQ=255) tcGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGTCCGACATTGTTTGCCATGGCCGGTGTTACCTCGGTGTTTGTCTACGCGAAGCTGACCGGCATGa > 2:1706916/1‑150 (MQ=255) gAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATc < 1:488407/150‑1 (MQ=255) aCGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCt < 2:1235856/150‑1 (MQ=255) 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caccaccacCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCa < 1:2400249/134‑1 (MQ=255) accaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTg < 2:528633/122‑1 (MQ=255) accaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTg > 1:528633/1‑122 (MQ=255) ccaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt < 2:139575/150‑1 (MQ=255) ccaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGAGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTAGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt > 1:483569/1‑150 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtc > 2:1371384/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtcggtcg > 1:545195/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGt < 1:538280/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGaa < 2:1559577/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGaa > 2:1801068/1‑150 (MQ=255) tGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCAAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACt > 2:1485149/1‑150 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg > 2:753246/3‑106 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg > 2:753796/3‑106 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg < 1:753246/104‑1 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg < 1:753796/104‑1 (MQ=255) | CCTGGTCGTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACT > NC_002947/4949668‑4949958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |