| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,949,820 | A→T | 7.3% | I190N (ATT→AAT) | fliM ← | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,949,820 | 0 | A | T | 7.3% | 280.5 / 8.6 | 94 | I190N (ATT→AAT) | fliM | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/47); new base T (4/3); total (44/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCGTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCTT > NC_002947/4949672‑4949967 | gtcgtcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAAt > 1:2008011/1‑150 (MQ=255)gtcgtcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAAt > 2:2272729/1‑150 (MQ=255) gTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCAt > 1:1553835/1‑150 (MQ=255) 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accaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTg > 1:528633/1‑122 (MQ=255) ccaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt < 2:139575/150‑1 (MQ=255) ccaccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGAGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTAGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt > 1:483569/1‑150 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtc > 2:1371384/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtcggtcg > 1:545195/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGt < 1:538280/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGaa < 2:1559577/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGaa > 2:1801068/1‑150 (MQ=255) tGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCAAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACt > 2:1485149/1‑150 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg < 1:753796/104‑1 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg < 1:753246/104‑1 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg > 2:753246/3‑106 (MQ=255) atggCCAACATTGTCGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTgg > 2:753796/3‑106 (MQ=255) cAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGCGTCGATATACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCtt < 2:2410396/150‑1 (MQ=255) | GTCGTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCCTT > NC_002947/4949672‑4949967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |