| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,142,055 | G→C | 5.2% | M114I (ATG→ATC) | PP_4526 → | MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,142,055 | 0 | G | C | 5.2% | 370.4 / 9.4 | 116 | M114I (ATG→ATC) | PP_4526 | MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/48); new base C (3/3); total (65/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TCGCCAGGCCAGGTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTAGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGCCGTGACCGGGCTACTGGCACTGGTTGCGCATGTGCTGGGGCTTGGCTCGGCAGCCCTGTG > NC_002947/5141909‑5142204 | cGCCAGGCCAGGTACGGCGACGCCTGCTTGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCa < 1:335336/150‑1 (MQ=255) gccaggccagGTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAc < 1:818082/150‑1 (MQ=255) ccaggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAcc > 2:2312030/1‑150 (MQ=255) ggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCCACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGc > 1:849068/1‑150 (MQ=255) ggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAc > 2:1421424/1‑146 (MQ=255) ggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAc > 2:1421298/1‑146 (MQ=255) ggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAc < 1:1421298/146‑1 (MQ=255) ggccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCAc < 1:1421424/146‑1 (MQ=255) gccaggTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGCGCTGATGAAACTGAATATCTAAGATTCAAACGTTTTTTGGGGTTATCTGCTGCTTCGCTTTTGTTCAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATCATCACCAGca < 2:2101081/150‑2 (MQ=255) gTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTTCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCAGGGGATGATCACCAGCCTcagc > 1:719912/1‑150 (MQ=255) gTACGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTcagc < 1:942537/150‑1 (MQ=255) aCGGCGACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTcagccc > 2:1017574/1‑149 (MQ=255) gACGCCTGCATGGGGGGCTGTGGCTGTGTGTGCTGCTGACCCTGGCCTCCTGGGCTGCCAACGGCTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAg > 1:1127690/1‑150 (MQ=255) 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cTTTTGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTcagc < 1:762664/79‑1 (MQ=255) tGGGGCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTAGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGcc < 1:374352/150‑1 (MQ=255) gggCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGGGTAACCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTCGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGCCGt < 2:1379225/150‑1 (MQ=255) gggCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTAGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGCCGt < 1:90281/150‑1 (MQ=255) gggCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTAGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGCCGt > 2:579509/1‑150 (MQ=255) gggCCACCTGCTGCTGCGCTTTGGCACAGGCGTAGCCAGCGCCTGGGTGCTGGTGATGATCACCAGCCTCAGCCAGCAAGTAGCCACTGCGCACAACCGCCAACGTCTGGGAGCGCTGGTATTCGCCGGGCCCGGCCTCGGTATCGCCGt < 2:1857006/150‑1 (MQ=255) 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NC_002947/5141909‑5142204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |