| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,172,360 | G→A | 6.2% | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I ← | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,172,360 | 0 | G | A | 6.2% | 280.4 / 5.9 | 96 | G216G (GGC→GGT) | fadD‑I | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/47); new base A (2/4); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGCT > NC_002947/5172214‑5172509 | gCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTAccgccg > 1:1898502/1‑150 (MQ=255) aTAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGgt < 1:399731/150‑1 (MQ=255) tAGTTGTGTTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGgtg < 2:2088126/150‑1 (MQ=255) 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tgtgGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACt < 2:1491381/150‑1 (MQ=255) tgtgGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACt > 1:1327893/1‑150 (MQ=255) gtgGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTa > 1:2073142/1‑147 (MQ=255) gtgGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTa < 2:2073142/147‑1 (MQ=255) tgGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTgc < 1:487572/150‑1 (MQ=255) 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> 1:2028037/1‑86 (MQ=255) gTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAg < 2:1997974/150‑1 (MQ=255) tCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGa < 1:1218828/123‑1 (MQ=255) tCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGa > 2:1218828/1‑123 (MQ=255) tCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGGTGGCTTCGGTCACGGGCGGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCAACGTCAGGTCGTAgg > 2:512733/1‑150 (MQ=39) gCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTACAGAACCTCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCg < 1:1983237/150‑1 (MQ=255) 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GCATAGATGTGGTACAGCGGCAGCGGGGTGATGAGGATTTCGCAGCCTTCGTGCAGGTTGGAGCCCATCAGTGCACGGCACTGCAGCATGTTGGCCACCAGGTTGCGGTGGGTCAGCATGGCGCCTTTGGCCACACCGGTG‑GTACCGCCGGTGTACTGCAGCACCGCCACGTCGTTGGCCTGCGGGTTGGCTTCGGTCACGGGCTGGCCCTTGCCCAGCGCCAGGGCGTCATTGAAACGCACGGCCTGCGGCAGGTTGTAGGCCGGCACCATCTTCTTCACGTACTTGATCACGCT > NC_002947/5172214‑5172509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |