Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,232,105 | C→G | 11.8% | P213P (CCG→CCC) | PP_4610 ← | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,232,105 | 0 | C | G | 11.8% | 379.8 / 32.8 | 127 | P213P (CCG→CCC) | PP_4610 | PepSY‑associated TM helix domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/62); new base G (6/9); total (56/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CCGGCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGATCT > NC_002947/5231957‑5232253 | ccGGCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGAGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCccgccg > 2:584294/1‑150 (MQ=255) gCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCa > 2:1757391/1‑150 (MQ=255) tGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATc > 1:465169/1‑150 (MQ=255) cAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCAc < 2:1928050/150‑1 (MQ=255) aGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg < 2:328954/150‑3 (MQ=255) aGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg < 1:849224/150‑3 (MQ=255) aGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg < 2:756818/150‑3 (MQ=255) aGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCAcc > 1:1254983/1‑150 (MQ=255) 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tcttGCACCTTGGCGTACAGGCCCGGCAGCGCTACCCGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTTGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATg < 2:420348/147‑1 (MQ=255) tCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATg < 1:1757391/150‑1 (MQ=255) tCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATg < 2:420268/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg > 2:688356/1‑144 (MQ=255) ccTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCGGCGGGCATCatg < 1:688356/146‑3 (MQ=255) 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aTTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCg > 1:2107018/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCg > 1:1897890/1‑150 (MQ=255) tAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCAGCAGGTGATGCGGCAGCACCAGAAAGCCGAAAACCGCGTTGCCACCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGCAGGTg > 1:1741995/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTgaa < 1:353214/150‑1 (MQ=255) ggCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTgaagaa > 2:1948328/1‑150 (MQ=255) atggtgatgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGaa < 1:1692371/136‑1 (MQ=255) atggtgatgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGaa > 2:1692371/5‑140 (MQ=255) cATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAg > 1:1591267/1‑63 (MQ=255) cATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTc < 1:1179293/150‑1 (MQ=255) gtgatgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTcc < 2:128253/149‑1 (MQ=255) atgatgCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGAAAGGTGAAGAACTcc < 1:1032746/150‑1 (MQ=255) tgatgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCt > 1:1762150/1‑150 (MQ=255) tgatgCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCt < 1:584294/150‑1 (MQ=255) gatgCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCtt < 1:2362758/150‑1 (MQ=255) atgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTgaa < 2:719351/140‑1 (MQ=255) atgCCGGCGGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTgaa > 1:719351/1‑140 (MQ=255) ccgccgGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGgcag > 2:164756/1‑67 (MQ=255) cgccgGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGAt < 2:134830/150‑1 (MQ=255) | CCGGCTGCAGCTCCTGCACCTTGGCGTACAGGCTCGGCAGCGCTACCAGCGGCGTGGCCACCTGGGCCGCCTTGGGCGCATCGTTGCGGCCAAACAGGTCGTTGAAGTACTTGTCGGTGTCATTGCCGTAGCTGGCCATGATGCCCGCCGGCATCACCATGTACATGAACAGCACCAGGCTGCTGTAGCTGATCATCAGGTGAAACGGCAGCACCAGCACGCCGATGGCATTGTGCCCGTCCAGCCAGGAACGCTGCCCCTTGCCAGGGCGGAAGGTGAAGAACTCCTTGAAGATCT > NC_002947/5231957‑5232253 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |