| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,273,087 | C→G | 5.9% | S62R (AGC→AGG) | rlmG → | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,273,087 | 0 | C | G | 5.9% | 327.5 / 9.1 | 102 | S62R (AGC→AGG) | rlmG | ribosomal RNA large subunit methyltransferase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/42); new base G (3/3); total (57/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGATCCGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCG > NC_002947/5272939‑5273233 | tGATCCGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGcc > 2:106970/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCtt > 2:2193515/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCa < 2:1792982/150‑1 (MQ=255) 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cGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGAGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCg < 1:982287/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGt < 1:734293/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCg > 1:1382113/1‑150 (MQ=255) cTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTca > 2:292930/1‑134 (MQ=255) cTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTca < 1:292930/134‑1 (MQ=255) 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t‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCa > 2:107881/1‑150 (MQ=255) cAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAg > 1:1030248/1‑150 (MQ=255) aaTGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGc > 1:628761/1‑150 (MQ=255) gACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGaa > 1:1184337/1‑150 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACCGTGTGCCGGTCGTACCGGCCAGCGAac > 2:179193/1‑150 (MQ=255) aCAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGATAGGACTGGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAac > 2:211077/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACt > 2:217866/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTg > 1:2408261/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTg < 1:903376/149‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCaa > 2:1776987/1‑150 (MQ=255) gTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAg < 1:505992/150‑1 (MQ=255) ccTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGccc < 2:1184337/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTGCAAGGCTTGC‑GGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGTCAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCaa < 1:879233/144‑1 (MQ=255) cTGGCCTGCAAGGCTTGC‑GGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGTCAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCaa > 2:879233/1‑144 (MQ=255) tGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACa > 2:2321290/1‑108 (MQ=255) tGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACa < 1:2321290/108‑1 (MQ=255) tGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGt > 2:1223375/1‑150 (MQ=255) ggCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGtt < 1:453934/150‑1 (MQ=255) c‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGc < 2:2384934/110‑1 (MQ=255) c‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGc > 1:2384934/1‑110 (MQ=255) cAAGGCTTGC‑GGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCg > 2:1037831/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGAcc < 1:1679458/150‑1 (MQ=255) | TGATCCGCCAGCCGGAGCAGGCCAACGACCCGTTGCAGGCCTTCGATGCCGCCGACGAGTACCTGCTTGCGCAGCTACACGATCAGGCACCCGACGCCAATTGCCGGGTACTGGTGCT‑CAATGACAGCTTCGGTGCCCTGGCC‑GCAAGCCTTGCAGGCCAGCT‑GCAGGTGGTCAGCAGCGGTGACTCGCACCTGGGGCACCTGGCCCTGGAAAAGAACCTGGCGCGCAATGGCCTGCCGTTCGACAGTGTGCCGTTCGTACCGGCCAGCGAACACTGGCAAGGCCCGTTCGACCG > NC_002947/5272939‑5273233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |