| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,436,113 | G→T | 5.7% | E82* (GAG→TAG) ‡ | fieF → | divalent cation efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,436,113 | 0 | G | T | 5.7% | 424.4 / 7.1 | 131 | E82* (GAG→TAG) ‡ | fieF | divalent cation efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/64); new base T (2/6); total (61/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCTGACG > NC_002947/5435965‑5436262 | ggCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGa < 1:1392953/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAg > 2:701236/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAg > 2:1963886/1‑150 (MQ=255) 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ccATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTc > 2:2152376/1‑150 (MQ=255) ccATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTc > 2:1672895/1‑150 (MQ=255) aTGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATAc > 2:1704358/1‑118 (MQ=255) aTGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATAc < 1:1704358/118‑1 (MQ=255) ggccAAGGCCTCGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACAACCCGCAACCGGTGCGTGATGTCTCCATCGGTATCGCTGTGATGCTGCTGTCGCt > 2:1456044/4‑150 (MQ=255) gCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGAt > 1:1053575/1‑64 (MQ=255) gCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGAt < 2:1053575/64‑1 (MQ=255) ccAAGGCCTCGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGa < 2:891454/134‑1 (MQ=255) cAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGt > 2:1029260/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGt < 1:2328260/150‑1 (MQ=255) aGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGc < 1:1672895/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGCCTTAGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGAGGCTGCTGTCGCTGGTGCTg > 2:238619/1‑150 (MQ=255) ccGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCTGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCACCCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCTGa < 2:1213285/150‑1 (MQ=255) | GGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGAGCGTCTGTACACCCCGCAACCGCTGGGTGATACCTCCATCGGTATCGCGGTGATGCTGCTGTCGCTGGTGCTGACG > NC_002947/5435965‑5436262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |