| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,507,063 | C→A | 5.3% | P92P (CCC→CCA) | cycA → | D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,507,063 | 0 | C | A | 5.3% | 364.2 / 5.1 | 113 | P92P (CCC→CCA) | cycA | D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/50); new base A (2/4); total (59/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ACCATCAGCCTGGCCGGGCCATCGATCATCTTCGTCTACATGATTATCGGCTTCATGCTGTTCTTCGTCATGCGCGCCATGGGCGAACTGCTGCTGTCGAACCTGAACTACAAGTCGTTCATCGACTTT‑‑TC‑CGCCGACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGGCTGCTGCT > NC_002947/5506914‑5507212 | acgagcAGCCGGGCCGGGCCATCGATCATCTTCGTCTACATGATTATCGGCTTCATGCTGTTCTTCGTCATGCGCGCCATGGGCGAACTGCTGCTGTCGAACCTGAACTACAAGTCGTTCATCGACTTT‑‑TC‑CGCCGACCTGCTCGGcccc < 2:1450912/145‑1 (MQ=255) aTCAGCCTGGCCGGGCCATCGATCATCTTCGTCTACATGATTATCGGCTTCATGCTGTTCTTCGTCATGCGCGCCATGGGCGAACTGCTGCTGTCGAACCTGAACTACAAGTCGTTCATCGACTTT‑‑TC‑CGCCGACCTGCTCGGCCCCTgg < 2:742090/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGGGCCATCGATCATCTTCGTCTACATGATTATCGGATTCATGCTGTTCTTCGTCATGCGCGCCATGGGCGAACTGCTGCTGTCGAACCTGAACTACAAGTCGTTCATCGACTTT‑‑TC‑CGCCGACCTGCTCGGCCCCTGGGCCgg > 1:1362771/1‑150 (MQ=255) 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ttt‑‑tC‑CGCCGACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGgcg > 2:2056637/1‑150 (MQ=255) ccgACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCt > 1:809022/1‑150 (MQ=255) ccgACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCt > 1:695709/1‑150 (MQ=255) gACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTCCTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGc < 1:1299521/150‑1 (MQ=255) gACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGc < 2:2380862/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTa > 2:185268/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTa > 2:1133624/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTa < 2:809022/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTa > 1:95948/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTa > 1:96106/1‑150 (MQ=255) gCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAgg < 1:275210/150‑1 (MQ=255) tCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGgc > 1:1870011/1‑150 (MQ=255) ccccTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGgctgct < 2:1571018/150‑1 (MQ=255) ccccTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGgctgct > 2:1988744/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCGACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGgctgctgct < 2:455377/150‑1 (MQ=255) | ACCATCAGCCTGGCCGGGCCATCGATCATCTTCGTCTACATGATTATCGGCTTCATGCTGTTCTTCGTCATGCGCGCCATGGGCGAACTGCTGCTGTCGAACCTGAACTACAAGTCGTTCATCGACTTT‑‑TC‑CGCCGACCTGCTCGGCCCCTGGGCCGGCTACTTTACTGGCTGGACCTACTGGTTCTGCTGGGTGGTCACCGGCATTGCCGACGTGGTCGCGATCGCCGCCTACACCCAGTTCTGGTTCCCCGACCTGCCGCAGTGGATACCGGCGCTGACCTGCGTAGGGCTGCTGCT > NC_002947/5506914‑5507212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |