| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,610,767 | T→C | 81.4% | F44S (TTC→TCC) | emrE → | small multidrug resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,610,767 | 0 | T | C | 81.4% | 246.8 / 42.6 | 119 | F44S (TTC→TCC) | emrE | small multidrug resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/10); new base C (49/47); total (61/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCTTGGCATGGC > NC_002947/5610622‑5610911 | aCGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGCGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTgg > 2:757639/1‑150 (MQ=255) cGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGa > 1:1598149/1‑150 (MQ=255) ggaggaTCCTGCCATGAATGCCTATACCTAGCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGAt > 2:1412040/1‑150 (MQ=255) ggaggaTCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGAt > 1:609918/1‑150 (MQ=255) ggaggaTCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGAt < 2:1977329/150‑1 (MQ=255) ggaggaTCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGAt < 2:2227394/150‑1 (MQ=255) ccATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCtgg > 1:919361/1‑150 (MQ=255) cATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCtggt < 1:1500612/150‑1 (MQ=255) 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ataCCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCgcagca > 1:675146/1‑150 (MQ=255) ctacctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTc < 1:453464/149‑1 (MQ=255) ctacctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTcc > 2:1994296/1‑150 (MQ=255) ctacctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTcc > 2:1655363/1‑150 (MQ=255) ctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTg < 1:1006866/150‑1 (MQ=255) ctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTg < 1:394915/150‑1 (MQ=255) tCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGGTGGTTGGCTCTGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgg < 2:1323392/150‑1 (MQ=255) tCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGGTCGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGAGGTGGTCGCTGGTGGTCCCCAGCATTCCGGTgg > 2:857957/1‑150 (MQ=255) tCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCgca < 1:1259985/138‑1 (MQ=255) tCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgg < 1:1163430/150‑1 (MQ=255) 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tgctgATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTgg > 1:1343807/1‑150 (MQ=255) gctgATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGa < 1:2034665/150‑1 (MQ=255) gctgATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGa < 1:630690/150‑1 (MQ=255) gctgATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGGGATCTATGGGCAGAAGCTGGa > 1:1828154/1‑150 (MQ=255) aTGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATg > 2:2142899/1‑150 (MQ=255) tggtggTTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGt > 2:1702699/1‑124 (MQ=255) tggtTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGc < 1:1987637/147‑1 (MQ=255) tggtTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGCCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCgg > 1:2356419/1‑150 (MQ=255) gtTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCg > 2:2319203/1‑150 (MQ=255) gtTGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGGCGGGGCTGGGGATTGAGCTGC‑ACACTTCTGAACTCCTGTTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCg > 1:2377640/1‑150 (MQ=255) tttgCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGa > 1:753837/4‑150 (MQ=255) ttGGCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGa < 1:409526/150‑1 (MQ=255) ggCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATggg > 1:1722967/1‑126 (MQ=255) ggCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATggg < 2:1722967/126‑1 (MQ=255) gCTATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGc > 2:561731/1‑150 (MQ=255) tATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCtt < 1:561731/150‑1 (MQ=255) tATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCtt < 1:295890/150‑1 (MQ=255) tATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCtt < 2:1343807/150‑1 (MQ=255) tATGGCATTGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCtt > 2:1539642/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCTTGGc > 1:1575810/1‑150 (MQ=255) ttGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCTTGGCATgg < 1:456548/150‑1 (MQ=255) tGCGTCCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCTTGGCATGGc < 2:2168975/150‑1 (MQ=255) | ACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGA‑TCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTGGATATGCCGGCGATGCTTGGCATGGC > NC_002947/5610622‑5610911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |