| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,734,098 | A→G | 9.4% | intergenic (‑68/+89) | proY ← / ← hutH | proline (histidine) APC transporter/histidine ammonia‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,734,098 | 0 | A | G | 9.4% | 253.7 / 13.4 | 96 | intergenic (‑68/+89) | proY/hutH | proline (histidine) APC transporter/histidine ammonia‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/48); new base G (2/7); total (41/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
GTGCCGATGGCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCCCAGCGGCCCCAGGGGCGTTACAGGCTTGGCAGTACACCCGCCGGCAGCAAGCCGGTCAGACTACCCTTGGCCAACA > NC_002947/5733951‑5734245 | gTGCCGATGGCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACG > 1:527695‑M1/1‑150 (MQ=255) tGCCGATGGCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGC < 2:459710‑M1/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGGCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGAGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGC < 1:1131040‑M1/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCT > 2:1169951‑M1/1‑150 (MQ=255) ggCGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTTTGCAGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaa < 1:259278‑M1/150‑4 (MQ=255) cGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagg > 1:1057427‑M1/1‑145 (MQ=255) cGGAGCCGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagg < 2:1057427‑M1/150‑6 (MQ=255) ggAGCCGAGGGCCATGAAACGGTTGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaaggg < 2:1201677‑M1/150‑7 (MQ=255) ccGAGGGCCATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTTCGCACAAGCTAT‑TGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTCCTCCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAggg > 1:413657/1‑150 (MQ=255) ccATGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGgtg < 2:476316/150‑1 (MQ=255) aTGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGaagtaggtgca > 2:437704‑M1/1‑139 (MQ=255) aTGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGa > 1:1646659/1‑143 (MQ=255) aTGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGa < 2:1646659/143‑1 (MQ=255) tGAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGttt < 1:2370872/150‑1 (MQ=255) gAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGtttt < 1:991314/150‑1 (MQ=255) gAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGtttt < 2:518540/150‑1 (MQ=255) gAAACGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGtttt < 2:80748/150‑1 (MQ=255) aaaCGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTg < 1:162577/150‑1 (MQ=255) aaaCGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTg < 2:1058897/150‑1 (MQ=255) aCGGATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCCTGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCa < 1:185563/150‑1 (MQ=255) ggATGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGgagtaggtgcaaaacacc > 1:1769272‑M1/1‑132 (MQ=255) aTGTGGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGgagtaggtgcaaaacaccat < 2:1769272‑M1/150‑21 (MQ=255) tgtgGCGGGCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTAc > 1:927398/1‑150 (MQ=255) gggCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGGTGGTTGCATGTCACGTCATT‑GAATTGAATTGGGTGGAAAAATAGTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCtgt < 1:1862253/150‑1 (MQ=255) gggCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 2:150591/1‑124 (MQ=255) gggCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 1:150591/124‑1 (MQ=255) gggCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgt > 1:1480525‑M2/1‑146 (MQ=255) ggCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGATCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtg > 1:2017062‑M2/1‑145 (MQ=255) gCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtgg > 2:813420‑M2/1‑144 (MQ=255) gCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGaagtaggtgcaaaacaccatcccctgtgg < 1:1087639‑M1/150‑30 (MQ=255) gCACTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtgg > 2:1552751‑M2/1‑144 (MQ=255) aCTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGAt < 1:1967527/124‑1 (MQ=255) aCTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGAt > 2:1967527/1‑124 (MQ=255) aCTTAGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtggga < 2:859528‑M2/150‑9 (MQ=255) 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aGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGaagtaggtgcaaaacaccatcccctgtgggagcgg < 1:437704‑M1/150‑36 (MQ=255) aGCCCGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtgggagcgg > 1:382489‑M2/1‑138 (MQ=255) cccGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGaagtaggtgcaaaacaccatcccctgtgggagcgggc < 2:449850‑M1/150‑38 (MQ=255) cccGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgtgggcgcgggc > 2:1675353‑M2/1‑136 (MQ=255) ccGCGCTTGAGACCTTGAGCTTGTTGCATGTCACGTCCTT‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGaagtaggtgcaaaacaccatcccctgtg > 1:263317‑M1/1‑112 (MQ=255) 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tt‑GAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCCCAGCGGCCCCAGGGGCGTTa > 2:2142532/1‑150 (MQ=255) gAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgt > 2:151331‑M2/1‑95 (MQ=255) gAATTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTctgt < 1:151331‑M2/99‑5 (MQ=255) aaTTGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCCCAGCGGCCCCAGGGGCGTTACAg < 1:1169951/150‑1 (MQ=255) tttGTTTTTGTGGGCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCGCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCCCAGCGGCCCCAGGGGCGTTACAgg < 2:413657/149‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTGGTCGTGAGATTCAGGGGGCTGCTGCGCAGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGGATGGTGTTTTGCACCTACTTCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCCCAGCGGCCCCAGGGGCGTTACAGGCt < 1:859528/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |