| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 498,050 | T→A | 6.3% | L640Q (CTG→CAG) | PP_0409 → | two‑component system sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 498,050 | 0 | T | A | 6.3% | 243.2 / 6.7 | 81 | L640Q (CTG→CAG) | PP_0409 | two‑component system sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base A (2/3); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
TGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGCGTCCGCCGATCCTCGATGCCGGCATTGCCTCGGCCATCGAATGGCAGGCGCGGCGTTTCGAGGCACGTACGCAAATCCCCTGTC > NC_002947/497906‑498199 | tGGAGAGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGACGTATCTAGGTGCGAGCTGGCATCTGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGa > 1:1207282/1‑150 (MQ=255) gagaGCGTGCGTGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGc < 2:2047210/150‑1 (MQ=255) ggcgtgcgtGAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt < 2:228022/149‑2 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttc > 2:2238898/1‑146 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAttc < 1:2238898/148‑3 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg < 1:1785302/143‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg > 2:1785302/1‑143 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGaaa < 1:1085252/150‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGaaa > 1:282597/1‑150 (MQ=255) cgtgAAGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGc < 2:282597/150‑1 (MQ=255) aaGAGGAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGa < 2:1333937/150‑1 (MQ=255) agGAAAAAGCCCGTACCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGCTGCTGACCGTGCTCAAGCTGGACGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGCGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAGAAGCCTGCTCg > 2:728492/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc > 1:631350/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc > 1:1191048/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGcc < 1:1941653/150‑1 (MQ=255) aaaacGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc < 1:829339/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑a < 2:1938582/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg < 2:2322756/126‑1 (MQ=255) aGCCCGTATCGCCCGGGAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAg > 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gggAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGACACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTAc < 1:1625605/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTAcgc > 2:121968/1‑150 (MQ=255) gTGCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt < 1:825574/150‑1 (MQ=255) gCATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTGAGATCAAAACC‑GAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGt > 1:1970757/1‑150 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGCTGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTc < 1:121968/150‑1 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt < 1:2318188/147‑1 (MQ=255) cATGATGAACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGAt > 2:2318188/1‑147 (MQ=255) atgatgAACTGGGGCAGATGCTGACTGCCAACAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCg > 1:1244520/1‑150 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt < 2:1255054/129‑1 (MQ=255) tgatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑Agttgtt > 1:1255054/1‑129 (MQ=255) gatgaACTGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGCTCGCCC‑AGTTGTTCCAGGTGGTACGCGAGGTCGcc > 1:812492/1‑150 (MQ=255) tGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt < 1:1320025/98‑2 (MQ=255) tGGGGCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGCTCGCCAGGCGATCAtt > 2:1320025/1‑97 (MQ=255) ggggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc < 1:1593087/113‑1 (MQ=255) ggggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGccc > 2:1593087/1‑113 (MQ=255) ggCAGATGCTGACCGTGCTCAAGCTGGAAGTGTCGATGTGCGAGCTGGCCTATGCCGAGCTG‑GACCCTGGCCTGAATGATCGCCTGGCGAGCATGAAACGCCTGATCGCCC‑AGTTGTTCCAGTTGGTACGCGATGTCGCCACTGCCTTGc < 1:728492/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |