| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,790,681 | A→T | 7.0% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,790,681 | 0 | A | T | 7.0% | 350.8 / 13.4 | 114 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/63); new base T (5/3); total (48/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCA > NC_002947/5790532‑5790829 | ccGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGaa < 1:1102590/150‑1 (MQ=255) aaaTGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCg > 1:2097254/1‑150 (MQ=255) aaTGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg < 2:1698138/150‑1 (MQ=255) 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cGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGc > 2:1048296/1‑150 (MQ=255) cGGCATCGAAGCCGGGTTTACAGTACAGTGCATCATGTCACTGGTGGTACGGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCGCCAGCATGTTCCGGGTAAACTGGCGGTGTGATGCCGGCGCCGAGGTGGAGGGCAGGGCCAGTGc < 2:1207571/150‑1 (MQ=255) ggCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGcc > 1:854043/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGaa < 2:1445326/78‑1 (MQ=255) tCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTgg < 1:838163/150‑1 (MQ=255) aaGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCa < 1:2035219/150‑1 (MQ=255) | CCGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCA > NC_002947/5790532‑5790829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |