| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,824,908 | G→T | 5.5% | T207T (ACC→ACA) | trmB ← | tRNA (guanosine(46)‑N7)‑methyltransferase TrmB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,824,908 | 0 | G | T | 5.5% | 346.7 / 5.4 | 108 | T207T (ACC→ACA) | trmB | tRNA (guanosine(46)‑N7)‑methyltransferase TrmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/46); new base T (4/2); total (60/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AACCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTGGA > NC_002947/5824759‑5825056 | aaCCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCATCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAg < 1:654483/150‑1 (MQ=255) ccGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTTCCTGCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGt < 1:1731925/150‑1 (MQ=255) gCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGc > 1:511976/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTTCAGGGCGGATTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCAACTTATCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGc > 1:1014980/1‑150 (MQ=255) cccTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGcc > 1:1326937/1‑150 (MQ=255) ccTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGGCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCg > 1:2279025/1‑150 (MQ=255) cTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGt > 2:2349758/1‑150 (MQ=255) ttttCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCACTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTc > 2:1600984/1‑150 (MQ=255) tttgCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTc > 2:743740/1‑150 (MQ=255) tttCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGGTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCt > 1:2089759/1‑150 (MQ=255) ggTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACgg < 2:570762/150‑1 (MQ=255) ttttACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGtt < 1:217425/150‑1 (MQ=255) aCCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGa < 1:86481/150‑1 (MQ=255) aCCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGa > 1:1656693/1‑150 (MQ=255) ccGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTTCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGAt > 2:1489001/1‑150 (MQ=255) cGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATa > 1:316642/1‑150 (MQ=255) cGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTAGCACTTAAAGTCACACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATa > 1:1617402/1‑150 (MQ=255) cGAAAACGCCGTATCAGCCGCTCACTCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGCACTTGGTGTTCGGGCGCTATTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATa < 2:1178137/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCa > 2:1676584/1‑150 (MQ=255) gggCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAg < 2:1236415/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAg < 1:804643/150‑1 (MQ=255) aGGCCGAATCATCCGCTCAATCCACCTTCTCGAAGTTCCAGCCACACGCCCCGTGGCCCAGCCGCTCACCGCAGGTTGCGAACTTGGTGATCGGTCTCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAg < 1:534925/150‑1 (MQ=255) gCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGa > 2:1589596/1‑150 (MQ=255) tATCAGCCGATCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACCTGGAGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTg < 1:1994087/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCTCAATCCCCCTTCTCGAACTTAACGCCCCACAACACCTGCCCCCTCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTgc < 2:2230786/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTg < 2:1053756/115‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTg > 1:1053756/1‑115 (MQ=255) aGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCt < 2:1811093/150‑1 (MQ=255) ccGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCtca > 1:1210160/1‑150 (MQ=255) cGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCtcat < 2:1326937/150‑1 (MQ=255) cGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCtcat > 1:2284103/1‑150 (MQ=255) cTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCtcatca < 2:1048210/150‑1 (MQ=255) aTCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTc < 2:1656693/150‑1 (MQ=255) ccACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCa > 1:2424115/1‑150 (MQ=255) 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> 1:1288245/1‑150 (MQ=255) ggTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCtt < 1:1230165/150‑1 (MQ=255) ggTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGCCCGCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCtt < 1:1489001/150‑1 (MQ=255) tCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGAc > 1:1059770/1‑150 (MQ=255) ggCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTa > 1:810375/1‑150 (MQ=255) gcgcTCTTCGGGGCGCGGCACATAGTTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGTAAACGGCTCCGAATCTATTGCCAGGTGTAACACACCGCCGGGCTTGAGCTTGCGACGTAc < 1:648863/150‑1 (MQ=255) gcgcTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa > 1:2072612/1‑137 (MQ=255) gcgcTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa < 2:2072612/137‑1 (MQ=255) gcgcTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTAc < 2:1288245/150‑1 (MQ=255) tctTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCtt > 2:2344715/1‑131 (MQ=255) tctTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCtt < 1:2344715/131‑1 (MQ=255) ttCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTc > 2:775045/1‑150 (MQ=255) ttCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTc > 1:998038/1‑150 (MQ=255) ttCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGAAGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTc > 1:2286626/1‑150 (MQ=255) ggggCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGc < 2:151436/150‑1 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa < 1:1599847/122‑1 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa > 2:1599847/4‑125 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa < 1:1598622/122‑1 (MQ=255) agacgGCACCTATGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGa > 2:1598622/4‑125 (MQ=255) gacgacacaTATGCGCCGTCTGCCGCACGGTTAAGATAGCCAGTATCTGCCCTCATCACTACCAGCAAGTACTGGACATACGGCTCCCAATCGGTGGCCAGGTGGCAGACGCCAGCGGGCTTGAGCTAGCGACGTACCAGCTCGGCGAAc > 2:1151392/6‑150 (MQ=255) gcgGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAAcc > 2:1744297/1‑149 (MQ=255) gcgGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACCGTGGCGATATCAAAGAGCTGGTCGCTGCACTTCCCGCATGTGCCCGGCACCAGTTTCTTCAGCCGATCCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACt > 1:2388123/1‑150 (MQ=255) acaTAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGc > 2:503353/1‑150 (MQ=255) caTAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACGCCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCt < 2:1976710/150‑1 (MQ=255) aGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTGGa > 2:374060/1‑150 (MQ=255) | AACCGCCCTTTTCAGGGCGGTTTTACCGAAAAGGCCGTATCAGCCGCTCAATCCACCTTCTCGAACTTCAAGTCCCACACCCCGTGCCCCAGCCGCTCACCGCGGCGTTCGAACTTGGTGATCGGGCGCTCTTCGGGGCGCGGCACATAGGTGCCGTCTGCCGCACGGTTGCGATAGCCAGGAGCTGCGCTCATCACTTCCAGCATGTACTCGGCATACGGCTCCCAATCGGTGGCCATGTGGAACACACCACCGGGCTTGAGCTTGCGACGTACCAGCTCGGCGAACTCCAGCTGGA > NC_002947/5824759‑5825056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |