| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,841,788 | C→G | 5.6% | R101G (CGC→GGC) | calB → | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,841,788 | 0 | C | G | 5.6% | 281.0 / 6.9 | 90 | R101G (CGC→GGC) | calB | coniferyl aldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/39); new base G (3/2); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
CAGGCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGC > NC_002947/5841644‑5841935 | cAGGCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTc < 2:2096921/150‑1 (MQ=255) aGGCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCGCGCGGAGAGGCGCGTGCGACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCg > 2:2098359/1‑150 (MQ=255) ggCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCGGCGTCgg < 1:720159/150‑1 (MQ=255) ggCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCgg > 1:2107888/1‑150 (MQ=255) gacAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCgg > 1:1137610/3‑150 (MQ=255) gAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTg < 1:773364/150‑1 (MQ=255) tGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGACCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGt > 1:789334/1‑150 (MQ=255) gATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGtt < 2:2449188/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCT‑GCGTTcc > 2:772336/1‑150 (MQ=255) cGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCa < 2:2077970/150‑1 (MQ=255) gAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAg > 2:1834002/1‑150 (MQ=255) ccagggcgcaggtcaacgggccgatggcgaggaacaacgggtagttccacggcacgatgacgccgaccacgcccaagggttgatagcgcacctgtgcgctggccgGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGc > 2:139342‑M1/106‑150 (MQ=255) aTCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGcc > 2:1669979/1‑150 (MQ=255) cAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGca > 2:1568112/1‑150 (MQ=255) aGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGcac < 1:1198168/150‑1 (MQ=255) caacgggccgatggcgaggaacaacgggtagttccacggcacgatgacgccgaccacgcccaagggttgatagcgcacctgtgcgctggccgGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGcc > 1:980053‑M1/93‑138 (MQ=255) caacgggccgatggcgaggaacaacgggtagttccacggcacgatgacgccgaccacgcccaagggttgatagcgcacctgtgcgctggccgGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGcc < 2:980053‑M1/46‑1 (MQ=255) ttttGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCAGCGGCCGTGCGGTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGt > 2:1840775/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTCCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTgc < 1:1840775/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGGCCCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTgc < 1:945463/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTa > 1:1037383/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAAcc < 1:2085674/150‑1 (MQ=255) gcCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCACGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTg > 1:1464484/1‑150 (MQ=255) 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1:457631/148‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCa > 2:457631/1‑148 (MQ=255) gCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCa > 2:457649/1‑148 (MQ=255) gCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATc > 2:2160974/1‑150 (MQ=255) gCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATc < 1:596019/150‑1 (MQ=255) gCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATc > 2:851305/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGc > 2:1735665/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGc < 1:2160974/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGc < 1:2317622/150‑1 (MQ=255) tGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGt > 1:578130/1‑150 (MQ=255) gCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTg < 2:149361/150‑1 (MQ=255) tACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGa > 2:1503303/1‑150 (MQ=255) aCCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGaa < 1:1503303/150‑1 (MQ=255) ccGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTgg > 2:836745/1‑121 (MQ=255) ccGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTgg < 1:836745/121‑1 (MQ=255) ccGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAAc > 1:2302553/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTa > 2:1051281/1‑150 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aaaGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGtt < 2:578130/150‑1 (MQ=255) aaaGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGtt < 1:1669979/150‑1 (MQ=255) aGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGa < 2:353334/150‑1 (MQ=255) gCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGAc > 1:1948094/1‑150 (MQ=255) cTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTg > 1:2059812/1‑150 (MQ=255) ttGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGt < 2:806232/109‑1 (MQ=255) ttGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGt > 1:806232/1‑109 (MQ=255) aaCGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgttg > 1:649540/1‑119 (MQ=255) aaCGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCgttg < 2:649540/119‑1 (MQ=255) cgcgGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCCGCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTg < 1:78546/150‑1 (MQ=255) cGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTg > 1:1908498/1‑150 (MQ=255) cGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTg < 1:1179739/150‑1 (MQ=255) ATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCACCGCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGATGTTCCGCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGgccgcc < 2:189223‑M1/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGccgccg < 1:214041/150‑1 (MQ=255) caggccgACGCGGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGa > 1:2328233/4‑126 (MQ=255) caggccgACGCGGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGa < 2:2328233/123‑1 (MQ=255) aggccgACGCGGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCg > 1:1357830/3‑150 (MQ=255) aggccgACGCGGCGTAGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCg > 2:1581160/3‑150 (MQ=255) cgccgACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCACGCGACGGTACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCgg < 2:789334/150‑1 (MQ=255) gccgcGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGc > 2:1895953/1‑150 (MQ=255) | CAGGCAGAACTGATCGAAGCCATCAGCCAGGATTTTGCCGGGCGCAGCGCCGACGAGACCTTGCTGGCCGAACTGCTACCGTCGGTGCAAGGCCTGCGCCACGCCGAAAAGCACTTGCAACGCTGGATGCGCAGCCGCCGACGCCGCGTCGGCCTGGCGTTCCAGCCGGCCAGCGCACAGGTGCGCTATCAACCCTTGGGCGTGGTCGGCGTCATCGTGCCGTGGAACTACCCGTTGTTCCTCGCCATCGGCCCGTTGACCTGCGCCCTGGCCGCCGGCAACCGGGTCATGC > NC_002947/5841644‑5841935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |