Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,928,776 | T→C | 7.3% | Q110R (CAG→CGG) | fbpA ← | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,928,776 | 0 | T | C | 7.3% | 314.2 / 9.7 | 109 | Q110R (CAG→CGG) | fbpA | iron ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/50); new base C (3/5); total (54/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CCGTGCGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCGGG > NC_002947/5928627‑5928925 | ccGTGCGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACt < 2:841565/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACGGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGGCCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTgc < 2:1163008/150‑1 (MQ=255) cgcAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCAGTACCGCGcc < 1:586990/150‑1 (MQ=255) gcAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCg < 1:835886/150‑1 (MQ=255) cAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTACAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCgg < 2:1348714/150‑1 (MQ=255) aGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTc < 2:1922418/150‑1 (MQ=255) cTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGCGGCGGTACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCGGGTCGa > 1:625711/1‑150 (MQ=255) cTTCCCACTCTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGCCCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGa < 1:1075552/150‑1 (MQ=255) ttCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGAAGATGATGGTGAACGCGCGCAGGCTCAGGCCGCTACAGTCATGGGTCGAGGCGGGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGAt < 1:1994184/150‑1 (MQ=255) cACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACg > 2:721099/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTc < 2:2064385/150‑1 (MQ=255) cTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTc < 1:516325/150‑1 (MQ=255) tGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCg < 2:71842/150‑1 (MQ=255) 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aGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTa < 2:2282112/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTcagc > 1:208274/1‑127 (MQ=255) gCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTcagc < 2:208274/127‑1 (MQ=255) cGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCCGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGc > 2:1374690/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGccc < 1:1366019/150‑1 (MQ=255) aGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCgg > 2:2291788/1‑150 (MQ=255) tGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGc < 1:205217/130‑1 (MQ=255) aCGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTc > 2:403318/1‑139 (MQ=255) aCGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTc < 1:403318/139‑1 (MQ=255) gAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc < 2:2418204/150‑1 (MQ=255) gAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc < 1:2425884/150‑1 (MQ=255) ccggCGCAGTACCGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGa > 2:555714/3‑145 (MQ=255) ccggCGCAGTACCGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATgcgc > 2:1664162/3‑150 (MQ=255) ggCGCAGTACCGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCtc < 1:1664162/150‑2 (MQ=255) gcgGTACTGCTCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGCTGCGCTGCAt > 2:243765/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCg < 2:2320734/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCgg > 2:343180/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCgg < 2:455518/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCgg < 1:2138209/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCggg > 1:1639852/1‑150 (MQ=255) | CCGTGCGCAGGCACAGACGGCCTTCCCACTGTTTGTCAGCCAGGGCTTCGTAGGTGCTCAACTCCTCGGGTTTGACCCGCTCGGTGGAGTAGATGATGGTGCGGGCGCGCAGGCTCAGGCCGGTCCAGTCATGGGACGAGGCGCGGTACTGCGCCGGGATGTTCTGGTCGATGACGTCGGACTCGATCGGCTGCAGAATGCCCATCTGCTCGGCCTGCCACAGGTTGCCTGCATCGACGGTCAGCAGCAGGTCGGCCACGCCGTTATCGCCCTCGGCCTTGATGCGCTGCATCAGCGGG > NC_002947/5928627‑5928925 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |