| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 6,072,962 | G→C | 7.5% | S450R (AGC→AGG) | PP_5327 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 6,072,962 | 0 | G | C | 7.5% | 315.9 / 11.7 | 103 | S450R (AGC→AGG) | PP_5327 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/44); new base C (2/6); total (53/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAGGGT > NC_002947/6072817‑6073108 | tGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGTTTCGCAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTgg > 1:22961/1‑150 (MQ=255) tcttctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑Ca > 2:997346/1‑150 (MQ=255) tctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATgg < 2:961112/150‑1 (MQ=255) tctGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATgg < 1:1586140/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCa < 1:924460/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGCCACGGGCCACAGCGAGGATCCTGCCGGTCACCATGGCCAGCCCGGC‑CATgatga < 2:1727510/150‑5 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATACGCGTCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCACCATGGCCAGCCCGGC‑CATgatga < 2:1661888/150‑5 (MQ=255) ggTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCACCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCACCATGGCCAGCCCGGC‑CATgatga < 2:1662080/150‑5 (MQ=255) tCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAgg > 1:1508911/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCAGCCCGGC‑CATgatgaccg < 1:1470434/150‑8 (MQ=255) cAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGAc > 1:583600/1‑150 (MQ=255) cAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACTCCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGAtttt < 2:583600/150‑1 (MQ=255) gTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCca > 1:1102481/1‑150 (MQ=255) 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ggTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAggg > 2:2176712/1‑150 (MQ=255) gTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGt > 2:214138/1‑150 (MQ=255) tttCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCg > 1:1247889/1‑150 (MQ=255) ccatccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGTGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGca < 2:1304658/150‑2 (MQ=255) atccaCCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CAt > 2:2345812/1‑117 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGc < 1:2162856/150‑1 (MQ=255) cGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCa < 1:1499531/150‑1 (MQ=255) ggTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAg < 2:644368/150‑1 (MQ=255) ggTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAg > 2:1438336/1‑150 (MQ=255) gTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCATTGGTTGCGCCCAACGAACTCCTTCCTTCACTCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGc > 1:885318/1‑150 (MQ=255) atcatGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAAt < 1:2100258/150‑1 (MQ=255) ccatGGCCAGCCCGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCa < 2:1232818/143‑1 (MQ=255) ggCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTgc < 2:2329848/54‑1 (MQ=255) ggCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTgc > 1:2329848/1‑54 (MQ=255) gCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAgg > 1:2305153/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGc > 2:88387/1‑144 (MQ=255) cGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGc < 1:88387/144‑1 (MQ=255) cGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAGGGt < 1:1544387/150‑1 (MQ=255) | TGATCTTCTGGTCCAGGTGCAGGTACGGGTAGTTTCCATCCACCGGCAGCGACGGCGCCAGCTTCACCACACCTACCAGCATCAGCGGCGCCACTTCGCCGGCGGCACGGGCCACAGCGAGGATCATGCCGGTCATCATGGCCGGGCTGGC‑CATGGGCAGGACGATTTTCCACAGGGTCTCGGCCTTGGTTGCGCCCAACGCCAGCGAGCCTTCACGCACGGTGCGCGGAATTCGCGCCAGGCCTTCTTCGGTGGCCACGATCACCACCGGTACCGCCAGCAATGCCAGGGT > NC_002947/6072817‑6073108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |