| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 572,521 | A→G | 6.0% | I191T (ATC→ACC) | PP_0486 ← | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 572,521 | 0 | A | G | 6.0% | 400.0 / 10.0 | 132 | I191T (ATC→ACC) | PP_0486 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/66); new base G (3/5); total (61/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GGCCGCGCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCA > NC_002947/572373‑572668 | ggcCGCGCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGAt < 1:486226/150‑1 (MQ=255) gcCGCGCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATg < 2:2079826/150‑1 (MQ=255) gcCGCGCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATg < 2:2212226/150‑1 (MQ=255) gcgcAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGccac < 2:650925/150‑1 (MQ=255) gcAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGccacca < 1:1684507/150‑1 (MQ=255) gCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCagcagc > 2:2447875/1‑150 (MQ=255) ccTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGcc < 2:169019/150‑1 (MQ=255) cTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGGTGGCCATCAGCAGcct < 2:590971/150‑2 (MQ=255) tCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGACAGGGCTACGATTGTAGGGTAGCAGAGCGACTCGCATAGCACCACATCGTCACTCTTCGACGGGCTGCTGGTGGCCATCAGCAGcctg < 1:1484740/150‑3 (MQ=255) cGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATg > 1:2296268/1‑150 (MQ=255) gAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGCTGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCAAATCGTCCCTCTTCGACACGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc < 1:1080914/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGCGCGACTCGCACAGCACCACACCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc < 2:2104260/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc < 1:1044725/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgc < 1:1127717/150‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGccacca < 1:629409/132‑1 (MQ=255) gCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGccacca > 2:629409/1‑132 (MQ=255) gCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGgcgc < 2:1076150/150‑1 (MQ=255) cccGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGcc > 2:2011793/1‑150 (MQ=255) cccGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGcc > 2:200623/1‑150 (MQ=255) ccGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCAGAGCACCAGATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCTACGAGCAGCCCATGTTGGGCGCCa > 2:1212858/1‑150 (MQ=255) ccGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCa > 2:846564/1‑150 (MQ=255) gtgtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGAt < 1:394266/120‑1 (MQ=255) gtgtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGAt > 2:394266/1‑120 (MQ=255) gtgtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGc < 2:1442902/150‑1 (MQ=255) gtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGGTGGccatc < 1:208769/125‑3 (MQ=255) gtTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGGTGGccatc > 2:208769/1‑123 (MQ=255) ttCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGt < 2:1421146/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGta < 2:2188874/150‑1 (MQ=255) aTGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGtact > 2:616300/1‑150 (MQ=255) tGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGtacta > 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aGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGa < 1:1905950/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGc > 1:268419/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGc > 2:238105/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGc > 1:2302258/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCAt > 2:1644261/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAAAGCAACTCGTACAGCGTTACATCGACTTTCTGCTACAGGTTTTTGATTGCCACCAGCAGCCCATGTTTGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATc < 2:1462798/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGGCAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGca < 1:1990343/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGca > 1:1506422/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGca < 2:1679981/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGcag > 1:2310710/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCCGCCAGCACTGTAt > 2:55514/1‑150 (MQ=255) aGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCg > 2:2267743/1‑102 (MQ=255) aGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCg < 1:2267743/102‑1 (MQ=255) aGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGt > 1:2412477/1‑104 (MQ=255) gggATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATcc < 1:1644261/150‑1 (MQ=255) ggATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCa < 1:498710/150‑1 (MQ=255) 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gTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCgg < 2:2020818/116‑1 (MQ=255) tCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTccca > 2:960386/1‑150 (MQ=255) ctTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTc < 1:1739344/150‑1 (MQ=255) tCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGa < 1:1702350/150‑1 (MQ=255) gctgctGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCgg < 2:2192176/101‑1 (MQ=255) gctgctGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCgg > 1:2192176/1‑101 (MQ=255) gctgctGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCAGATAGTCTAGTGCCTg > 2:1317685/1‑150 (MQ=255) ctgctgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGc > 1:592720/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGGCCATCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCg > 2:2160393/1‑38 (MQ=18) tgctgGTGGCCATCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCttgt > 2:257994/1‑104 (MQ=255) tgctgGTGGCCATCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCttgt < 1:257994/104‑1 (MQ=255) tgctgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCATATAGTc < 2:578678/139‑1 (MQ=255) tgctgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCATATAGTc > 1:578678/1‑139 (MQ=255) gctgATGGCCACCAGCAGCGCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTGCCTGCGGCCGGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTGGTTTGTGGGACGTGTGAGCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGcgc > 1:2140626/1‑148 (MQ=255) tgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCa > 1:1758937/1‑150 (MQ=255) tgATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCa > 2:1348832/1‑150 (MQ=255) | GGCCGCGCGCAATGCCTCCGGGATGAGCCCGTGTTCGTCCATGGCGACGCCGCGCAGGCGCCGGCCCAGGCTGTGGGCCAGGGATATGATGCCCGGGTAGCAGAGCGACTCGCACAGCACCACATCGTCACTCTTCGACAGGCTGCTGATGGCCACCAGCAGCCCATGTTGGGCGCCAGCGGTCAGTACTACCTGCTGCCAGCGAGCATCAGGCAGCCAGCGCTGTATCCAGGTCGCACCGGCTTGTTTGTGGGACGTGTGACCACCCTCTGTCACATAGTCGAGTACCTGCCCCA > NC_002947/572373‑572668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |