| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 605,134 | T→C | 6.9% | G148G (GGT→GGC) | thiL → | thiamin monophosphate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 605,134 | 0 | T | C | 6.9% | 377.5 / 9.8 | 136 | G148G (GGT→GGC) | thiL | thiamin monophosphate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/72); new base C (4/6); total (58/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAGCTCACCC > NC_002947/604986‑605282 | ggctggcGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGAATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTg < 2:1462434/150‑1 (MQ=255) ctggcGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCa < 2:1946314/150‑1 (MQ=255) gcggcCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCACCGCTGCGGCGCAAgg < 1:2026059/150‑1 (MQ=255) 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tGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCGAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTg < 2:1348889/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCa < 1:2005424/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCa > 1:1088600/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTCTAAGTGAAGCGCCTGCCGCGCAGTCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCa > 2:64282/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTCGCCGGTCGCTAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAc < 2:2433405/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGCGCCGCGGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTGGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCAcc < 2:1131586/150‑1 (MQ=255) cTTGCACCGCTGCGGCGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAgg < 2:2011244/101‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATg > 1:1893673/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGcc < 2:675117/150‑1 (MQ=255) cgccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCg < 1:896072/150‑1 (MQ=255) gccgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGc > 1:971498/1‑150 (MQ=255) cgcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAg < 1:1809960/150‑1 (MQ=255) gcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAGc > 2:45456/1‑150 (MQ=255) gcAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAGc < 2:2084430/150‑1 (MQ=255) gTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAGCTCAccc > 2:29518/1‑150 (MQ=255) | GGCTGGCGGCCTATGCCGACGGCCTTGGTCGCATGGCCCACCGTTGCCGCATGAGCCTGATCGGTGGTGACACCACGCGCGGCCCGTTGAGCATCACCGTGACCGTGTTCGGCCGCGTGCCGGCTGGCCAGGCCTTGCGCCGCAGCGGTGCAAGGCCGGGTGATCTGTTGTGTGTCGGTGGTTCGCTGGGCAAGGCCGCCGGTGCCTTGCCGCTGGTGCTGGGTGAGCGCGAGGCGCCTGCCGCGCAGGCCGAGCCGCTGCTGGCTCATTACTGGTCACCGATGCCGCAGCTCACCC > NC_002947/604986‑605282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |