| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 670,788 | C→T | 5.9% | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC → | peptidoglycan glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 670,788 | 0 | C | T | 5.9% | 449.8 / 11.9 | 151 | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC | peptidoglycan glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/84); new base T (6/3); total (64/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CGCAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCGGGCC > NC_002947/670639‑670937 | cgcAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGcc > 1:2182743/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGtt > 2:1526478/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTgg < 1:2195323/150‑1 (MQ=255) 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caccGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAgg > 2:2217126/1‑150 (MQ=255) accGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAggg < 1:2243239/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCATTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAggg > 1:1811364/1‑148 (MQ=255) cTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAg < 2:2321161/150‑1 (MQ=255) tGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAgg < 1:952524/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGCCTATTTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGc > 1:564646/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAAGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGACTCTGCGCTGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCg < 1:625964/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCgg < 2:1630890/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCGGGc < 2:1434390/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTTCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACg < 1:1659748/99‑1 (MQ=255) | CGCAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCGGGCC > NC_002947/670639‑670937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |