Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 743,423 | C→T | 5.8% | intergenic (+99/+175) | PP_0635 → / ← PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 743,423 | 0 | C | T | 5.8% | 362.0 / 8.2 | 120 | intergenic (+99/+175) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/51); new base T (2/5); total (64/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGC > NC_002947/743280‑743571 | gTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTa > 1:698617/1‑150 (MQ=255) tctcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAt > 1:1795800/1‑150 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAtgt > 2:2338650/1‑150 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAtgt < 2:1795800/150‑1 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAtgt > 2:1801689/1‑150 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAtgt < 2:1991017/150‑1 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAt < 2:254388/148‑1 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTAt > 1:254388/1‑148 (MQ=255) gATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGa > 2:1888560/1‑150 (MQ=255) tGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCaa < 1:2303038/150‑1 (MQ=255) tACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGTGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCtt < 2:108796/150‑1 (MQ=255) tACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCtt > 2:843297/1‑150 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑TCCGCTATGTAACGCAAccgaagg < 1:1923484/150‑6 (MQ=17) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑TCCGCTATGTAACGCAAccgaagg < 1:1923539/150‑6 (MQ=17) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAAc > 2:2241302/1‑144 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAAc < 1:2241302/144‑1 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCgg < 2:77009/150‑1 (MQ=255) aTTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGt > 2:281099/1‑150 (MQ=255) ccGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGt > 1:1420866/1‑150 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGtt > 2:1776776/1‑150 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGAACTG‑AAAGGGTGTCTCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGtt > 2:2411004/1‑150 (MQ=17) ttAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACAt > 1:1457270/1‑150 (MQ=255) gCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTACCTTGGGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCGTCGGTTGCGTTACATAGc > 2:2365082/1‑150 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa > 2:41913/1‑150 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa > 1:206796/1‑150 (MQ=255) cgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑TCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCgggc < 2:879339/150‑3 (MQ=17) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑TCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaa < 1:508314/149‑2 (MQ=18) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑TCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaa > 2:508314/1‑148 (MQ=18) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa > 1:867761/1‑142 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGa < 2:867761/142‑1 (MQ=255) tGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGc < 2:1756315/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg > 1:458284/1‑123 (MQ=255) gAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg < 2:458284/123‑1 (MQ=255) ccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGa > 1:1561983/1‑150 (MQ=255) cGGAACCGTACGCACGGTGGCGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCg > 1:53015/1‑150 (MQ=255) aCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGa < 1:1776776/150‑1 (MQ=255) cGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGaaa > 2:1311332/1‑150 (MQ=255) gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCgg < 2:58465/100‑1 (MQ=255) gtgtGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTcgcg > 2:595326/1‑150 (MQ=255) gtgtGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTcgcg > 2:312960/1‑150 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCg < 2:603708/92‑1 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCg > 1:603708/1‑92 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgtg > 1:2008735/1‑150 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgtg > 2:1590696/1‑150 (MQ=255) ggcggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCa > 1:679659/1‑150 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTTGGTACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCata < 1:1133655/150‑3 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 1:1416135/150‑1 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 1:1590696/150‑1 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 1:595326/150‑1 (MQ=255) tgtgAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCgg < 2:41414/90‑1 (MQ=18) tgtgAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCgg > 1:41414/1‑90 (MQ=18) tgAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGt < 2:2008735/150‑1 (MQ=255) gAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAac > 2:1044243/1‑117 (MQ=255) gAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAac < 1:1044243/117‑1 (MQ=255) gAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTa < 2:53015/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg > 1:2315278/1‑149 (MQ=255) tCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGCGCAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAggg > 1:1842517/1‑150 (MQ=255) ccGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga > 2:2400109/1‑139 (MQ=255) ccGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 1:2400109/139‑1 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACt < 1:1828000/141‑1 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACt > 2:1828000/1‑141 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAg > 2:2030093/1‑150 (MQ=255) ctcctACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCg > 2:1431041/1‑150 (MQ=255) cctACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGtt > 1:1366428/1‑150 (MQ=255) cctACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGtt < 2:1457270/150‑1 (MQ=255) cctACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGtt < 2:2297564/150‑1 (MQ=255) ccgtcTCGATTGCGCGAAATCACACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGCGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGTGGAGCGtt < 2:614999/146‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCTGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa > 1:766518/1‑150 (MQ=255) tACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGtgtg < 1:303988/124‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGtgtg > 2:303988/1‑124 (MQ=255) tACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa > 2:1158226/1‑150 (MQ=255) tCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAg > 1:2451832/1‑150 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAggg > 1:1390940/1‑136 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAggg < 2:1390940/136‑1 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAgg < 2:2321320/135‑1 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAgg > 1:2321320/1‑135 (MQ=255) gATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTg > 1:926219/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTgg < 2:679659/150‑1 (MQ=255) gcgcGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCgg < 1:569233/150‑1 (MQ=255) gcgcGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCgg < 1:463671/150‑1 (MQ=255) gcgAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGtt < 1:1888560/150‑1 (MQ=255) gcgAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGtt > 2:1468249/1‑150 (MQ=255) gcgAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGtt > 2:351979/1‑150 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTc < 1:1263090/44‑1 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTc > 2:1263090/1‑44 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg < 2:1307323/126‑1 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTc > 2:1802917/1‑150 (MQ=255) gAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGAAGCAGAGACTGTAg > 1:1307323/1‑126 (MQ=255) aaTCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCaa < 1:2338650/150‑1 (MQ=255) aaTCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCaa < 1:2105185/150‑1 (MQ=255) aGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAagcta < 2:2217549/150‑1 (MQ=255) gACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 2:218868/111‑1 (MQ=255) gACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga > 1:218868/1‑111 (MQ=255) cTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGGGCGTTGACAGTGGCGGGGTCAAGCTAGCtt > 2:2232145/1‑150 (MQ=255) cTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAagctag < 2:197696/147‑1 (MQ=255) cTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCtt > 1:2331655/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTGTG‑CCCCCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTgg < 2:772491/150‑1 (MQ=255) tgtgtg‑TCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAg > 1:1397014/1‑110 (MQ=17) tg‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCg < 2:1267383/125‑1 (MQ=255) tg‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCg > 1:1267383/1‑125 (MQ=255) | GTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTG‑CCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGC > NC_002947/743280‑743571 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |