Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 944,829 | A→T | 6.3% | S266T (TCG→ACG) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 944,829 | 0 | A | T | 6.3% | 329.3 / 10.7 | 111 | S266T (TCG→ACG) | PP_0806 | surface adhesion protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/60); new base T (3/4); total (47/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GAGATATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGG > NC_002947/944681‑944974 | gagaTATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAg > 1:1930926/1‑150 (MQ=255) tatTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 1:2145572/150‑1 (MQ=255) agttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 2:1942337/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGc > 1:285103/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCg > 2:1895594/1‑150 (MQ=255) gCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCa < 1:1273387/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCGCGGCTCGa < 2:1172379/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCA‑AGGAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGa < 1:1995459/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAcg < 1:260901/150‑2 (MQ=255) tCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCg < 1:2209504/150‑1 (MQ=255) gcggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATCCGCCCCCTGCCCCCCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTa < 1:1232638/150‑1 (MQ=255) cggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTaa > 1:2417501/1‑150 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACTACCGGTAAGGgt < 2:2180492/150‑1 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTCGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCCAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt < 2:1250389/150‑1 (MQ=255) tGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgtgt < 2:1576987/150‑1 (MQ=255) gATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGtt < 2:1118466/150‑1 (MQ=255) tctcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGGTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAc > 2:2212500/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc > 1:1823720/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTGGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCGATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc > 1:1775105/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCt < 2:264337/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGCTATCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCt > 1:63061/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCCCGGc < 1:1538063/126‑1 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCCCGGc > 2:1538063/1‑126 (MQ=255) gCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGGACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt < 2:184470/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt < 2:237022/150‑1 (MQ=255) cccGTCGCTTTGGGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCA‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt < 2:1158109/149‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 1:908717/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 2:1823720/150‑1 (MQ=255) cGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCa < 1:2013278/150‑1 (MQ=255) gCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 1:736091/104‑1 (MQ=255) gCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg > 2:736091/1‑104 (MQ=255) tttGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt > 1:2042905/1‑142 (MQ=255) tttGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt < 2:2042905/142‑1 (MQ=255) gCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGt < 2:466318/112‑1 (MQ=255) gCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGt > 1:466318/1‑112 (MQ=255) 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gCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCa > 2:1609506/1‑150 (MQ=255) aGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCTATGTAT‑CGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgt < 2:63061/150‑1 (MQ=255) gggTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg < 2:823986/150‑1 (MQ=255) gggTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg < 2:285103/150‑1 (MQ=255) ggcaaTGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATCAGTCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGGAAGGGGGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtgg > 1:1241653/4‑150 (MQ=255) 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aTACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTAc < 2:2181824/150‑1 (MQ=255) tACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGc < 2:2106125/45‑1 (MQ=255) tACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGc > 1:2106125/1‑45 (MQ=255) aCGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACcg < 2:2302903/150‑1 (MQ=255) gCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgt > 1:2309320/1‑97 (MQ=255) gCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACcggc > 2:2449054/1‑150 (MQ=255) ccACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACcggcg > 2:750385/1‑150 (MQ=255) cggcgcCGCGCACGGAAACCGGCGAGCCGGGCTCGGGACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCgt < 1:860447/148‑1 (MQ=255) cgcCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCgtcag > 1:232100/1‑150 (MQ=255) tCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGtcagtcag > 2:469027/1‑150 (MQ=255) cGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAATGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAgg < 2:960884/150‑1 (MQ=255) ggAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGAc > 2:2122566/1‑150 (MQ=255) aaCCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATc < 2:2417501/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAg < 1:1974334/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAg < 1:638538/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAg > 2:92324/1‑150 (MQ=255) gTCGTGCCGAGCCCGGCTCGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAgg > 2:1709866/1‑150 (MQ=255) tCGTGCCGAGCCCGGCTCGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCa > 1:2277110/1‑92 (MQ=255) tCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGAc < 1:2306143/115‑1 (MQ=255) tCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGAc > 2:2306143/1‑115 (MQ=255) | GAGATATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGG > NC_002947/944681‑944974 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |