| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 944,834 | G→A | 6.4% | P264L (CCC→CTC) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 944,834 | 0 | G | A | 6.4% | 320.6 / 8.1 | 109 | P264L (CCC→CTC) | PP_0806 | surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/59); new base A (3/4); total (46/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTG > NC_002947/944685‑944983 | tatTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 1:1768924/150‑1 (MQ=255)tatTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 1:2145572/150‑1 (MQ=255)agttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCgg < 2:1942337/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGc > 1:285103/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCg > 2:1895594/1‑150 (MQ=255) gCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCa < 1:1273387/150‑1 (MQ=255) gCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCAGTCGCTTTGTGTTAGCTGCAAGGTAATGCTGAACTGGCCGTGTTCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCa < 1:2378812/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCAc < 2:467601/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCGCGGCTCGa < 2:1172379/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCA‑AGGAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGa < 1:1995459/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCg < 1:2209504/150‑1 (MQ=255) gcggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATCCGCCCCCTGCCCCCCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTa < 1:1232638/150‑1 (MQ=255) cggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTaa > 1:2417501/1‑150 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACTACCGGTAAGGgt < 2:2180492/150‑1 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTCGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCCAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt < 2:1250389/150‑1 (MQ=255) tGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgtgt < 2:1576987/150‑1 (MQ=255) tctcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGGTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAc > 2:2212500/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc > 1:1823720/1‑150 (MQ=255) 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tGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGGAGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTg > 1:288588/1‑150 (MQ=255) tGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTg > 1:2224346/1‑150 (MQ=255) gAACTGGCCGTCCGCACCGGCCAACGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGc < 2:2159800/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCg > 2:1861437/1‑150 (MQ=255) aaCTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCC‑AGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCg > 1:2181824/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |