| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,001,199 | A→T | 11.5% | Q58L (CAG→CTG) | PP_0863 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,001,199 | 0 | A | T | 11.5% | 245.8 / 21.0 | 87 | Q58L (CAG→CTG) | PP_0863 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/38); new base T (5/5); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
GGAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCGGCC > NC_002947/1001050‑1001347 | ggAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCcagca < 2:1355922/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCcagcag > 1:77135/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCcagcag > 2:740985/1‑150 (MQ=255) gtggtgGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGAt < 1:472664/150‑1 (MQ=255) gtggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCTGCTGGATGcc < 2:46158/150‑1 (MQ=255) gtggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGcc > 1:2248499/1‑150 (MQ=255) gtggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGcc > 1:708116/1‑150 (MQ=255) tggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCTGCTGGATGCCa < 2:2244852/150‑1 (MQ=255) tggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCTGCTGGATGCCa < 1:2444873/150‑1 (MQ=255) cGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCg < 2:534721/150‑1 (MQ=255) cGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCGGGATGGGCGTTGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCg > 2:316595/1‑150 (MQ=255) gCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGc > 1:232659/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTg < 2:688636/150‑1 (MQ=255) aGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGt > 2:40185/1‑150 (MQ=255) GGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGtt > 2:77135‑M1/1‑150 (MQ=255) CATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCgg < 1:1272901‑M1/150‑1 (MQ=255) CATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCgg < 1:1689141‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTAt > 1:195447/1‑150 (MQ=255) 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tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAggg < 2:499840/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAggg > 1:2035810/1‑150 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAggg > 1:1042513/1‑150 (MQ=255) cccGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCGGGCCTTTGTTCGGTATCGCTGCACAGGGt < 1:1519538/150‑1 (MQ=255) ccGNCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTTGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTg > 2:1519538/1‑150 (MQ=255) ccGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTg > 1:1587827/1‑150 (MQ=255) cGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTgg > 2:2339606/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCTCGGGACAGGGTGGCa < 2:1165988/150‑1 (MQ=255) aaGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGt > 2:1857590/1‑150 (MQ=255) ggccGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGc < 1:1889007‑M2/146‑1 (MQ=255) 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cGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCAc < 1:1968126/147‑1 (MQ=255) cGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCAc > 2:1968126/1‑147 (MQ=255) cGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTAc > 2:783833/1‑150 (MQ=255) cGTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTAc > 1:1396224/1‑150 (MQ=255) gTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGt < 2:1860743/113‑1 (MQ=255) gTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACg > 1:1294611/1‑150 (MQ=255) gTGGCATCCTGCTGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACAGGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGt > 1:1860743/1‑113 (MQ=255) ggCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTgg > 2:1834646/1‑59 (MQ=255) ggCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTgg < 1:1834646/59‑1 (MQ=255) gCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGAAAGCA‑CGCGGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGccc > 1:145765/1‑150 (MQ=255) cATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCg > 2:1119047/1‑150 (MQ=255) cATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCg > 1:1037808/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTg > 2:1567917/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGATGGGGTGGCGGAGTGTATATGGCGGAGGCGGCCGTGCACTACGCCCGTg > 2:624260/1‑150 (MQ=255) cagcagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCg > 1:907837/1‑150 (MQ=255) agcagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCgg > 1:1793931/1‑150 (MQ=255) agcagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCgg > 1:736357/1‑150 (MQ=255) agcagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCgg > 1:338832/1‑150 (MQ=255) cagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCTCGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCGGcc < 1:157136/150‑1 (MQ=255) cagGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCGGcc < 1:1119047/150‑1 (MQ=255) | GGAAGTGGTGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATGCCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTG‑GAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGCAGGCGGCCGTTCACTACGCCCGTGCGGCC > NC_002947/1001050‑1001347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |