| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 151,065 | T→A | 5.5% | intergenic (‑116/+16) | PP_0142 ← / ← PP_0143 | ABC transporter permease/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 151,065 | 0 | T | A | 5.5% | 308.6 / 6.6 | 103 | intergenic (‑116/+16) | PP_0142/PP_0143 | ABC transporter permease/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/43); new base A (4/2); total (57/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CAGGGTGGCGCTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAGGCA > NC_002947/150917‑151213 | cAGGGTGGCGCTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTG > 2:1175344‑M1/1‑150 (MQ=255)cAGGGTGGCGCTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTG > 1:1387625‑M1/1‑150 (MQ=255) cgcTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGc > 1:1845886/1‑150 (MQ=255) gcTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCa > 1:2280648/1‑150 (MQ=255) gggTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCGTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAgggg < 1:500081/150‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggggg < 1:1175344/150‑1 (MQ=255) ttGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGGGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGCCAACAGTGACCTGCAGGCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGAGGGTc > 2:972125/1‑150 (MQ=255) gTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTTTGTGTACACTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAAc < 1:1865588/150‑1 (MQ=255) aTAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTAc > 1:245222/1‑150 (MQ=255) aTAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCAGAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTAc > 1:1567072/1‑150 (MQ=255) tAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCACGGCGATTGCAAGGCAGGGGGTCAACTAcc > 1:1182010/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggg < 1:491466/138‑1 (MQ=255) aGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggg > 2:491466/1‑138 (MQ=255) ccATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCggg < 1:1892361/150‑1 (MQ=255) cATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGGAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCgggg > 2:592322/1‑150 (MQ=255) cATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCgggg > 2:78750/1‑150 (MQ=255) gCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGca < 2:1601111/150‑1 (MQ=255) cAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGcat < 1:1163963/150‑1 (MQ=255) aTTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagt > 1:761186‑M1/1‑116 (MQ=255) ttGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCAGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGATGGGCAACAGTTTCCTGCAGGCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGcatcat > 2:865839/1‑150 (MQ=255) tggcgcGGCGCTAAGGCTTAGGGGCGGATGATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 2:433174/145‑1 (MQ=255) tGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 1:1653079/150‑1 (MQ=255) tGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 2:245222/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCCTTGacc > 1:240282/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGacc > 2:539055/1‑150 (MQ=255) gcGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGacc > 1:1664728/2‑150 (MQ=255) ggCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGac > 2:2246578/1‑147 (MQ=255) ggCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGac < 1:2246578/147‑1 (MQ=255) gcgcTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGaccacc < 1:78750/150‑1 (MQ=255) cTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgc > 2:2390479‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACg > 1:934514/1‑150 (MQ=255) gCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGc > 2:1123581/1‑150 (MQ=255) cTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaag < 2:761186‑M1/150‑61 (MQ=255) cTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaag > 2:210957‑M1/1‑90 (MQ=255) tGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCg > 2:2301959/1‑150 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaaggc < 1:210957‑M1/150‑63 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGTGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 1:2400731/124‑1 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGTGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt > 2:2400731/1‑124 (MQ=255) aTCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGAt < 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cccctgccTTGCGCAGCACAAGGCGGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCg < 1:1450415/123‑1 (MQ=255) cccctgccTTGCGCAGCACAAGGCGGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCg < 1:1450442/123‑1 (MQ=255) cccctgccTTGCGCAGCACAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCtt > 2:2420907/6‑150 (MQ=255) gccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 1:1314911/150‑1 (MQ=255) gccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 1:1416281/150‑1 (MQ=255) gccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 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gccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt > 2:635110/1‑147 (MQ=255) gccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 1:635110/147‑1 (MQ=255) ccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGGACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGt > 2:1786560/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGt > 2:1418828/1‑150 (MQ=255) cTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatcag < 2:761186‑M2/150‑91 (MQ=255) cTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatcag > 2:210957‑M2/1‑60 (MQ=255) gtgCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAg < 1:934220/150‑1 (MQ=255) gtgCGGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAg < 1:1543525/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAGGCa > 2:1936368/1‑150 (MQ=255) | CAGGGTGGCGCTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAGGCA > NC_002947/150917‑151213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |