| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,046,233 | C→G | 5.2% | S716S (TCG→TCC) | PP_0906 ← | RND family multidrug transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,046,233 | 0 | C | G | 5.2% | 312.4 / 6.8 | 97 | S716S (TCG→TCC) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/41); new base G (2/3); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
TTCACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCGGGTA > NC_002947/1046084‑1046382 | ttcACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATc < 2:2423211/150‑1 (MQ=255) aCGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGac < 1:2129768/150‑1 (MQ=255) aCGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGac > 2:60458/1‑150 (MQ=255) gtagtTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACAcccc > 1:2009065/1‑150 (MQ=255) tagtTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGATATGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCGATGGGCAccctc < 1:1704340/150‑3 (MQ=255) agtTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCa < 2:1653784/150‑1 (MQ=255) ttgttCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATc > 1:2436417/1‑150 (MQ=255) tgttCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGACCCCCTTAGCACCGGCGCCTTCGAG‑‑TGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCt < 1:2113962/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCCCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGGCGCCCAGGGTGTCCATCGACACCCCCAGCTgc > 1:275645/1‑150 (MQ=255) gccagccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGGGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgccg > 1:947672/1‑150 (MQ=255) ccagccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCGTCGCCACCCCCCTCTGcgccgc > 2:1959529/1‑150 (MQ=255) ccagccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGcgccgc > 1:978556/1‑150 (MQ=255) cagccGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCgccgcc > 1:1961011/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTTGTCGCGGTAATGTCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCCGCGTTCCAGAAGGTG‑ACCGGGT‑ATTTCAGCCTCGCCGAGCAGGGTCGTCATGATGCATACGTGTGTTGCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCttt < 1:1125278/150‑1 (MQ=255) gggTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGcc > 1:518602/1‑150 (MQ=255) gTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTc < 2:1961011/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTc < 1:1959529/150‑1 (MQ=255) tCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCg > 1:2172394/1‑150 (MQ=255) 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gATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTc > 1:1099789/1‑150 (MQ=255) cacaTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGaa > 2:1017929/1‑150 (MQ=255) cTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCGATGGACAccctc > 1:2384900/1‑92 (MQ=255) cTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCGATGGACAccctc < 2:2384900/94‑3 (MQ=255) cTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCCGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGc > 1:1562382/1‑150 (MQ=255) ttGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCa > 1:103587/1‑150 (MQ=255) 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cagGGTCGCCAAGGTGCCGCCTAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCtt < 2:589483/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGcc > 1:591457/1‑126 (MQ=255) ggTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGcc < 2:591457/126‑1 (MQ=255) ggTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGAt < 2:518602/150‑1 (MQ=255) ccAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGCTGCGtt > 1:2249938/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTg > 2:1936694/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCTCGTCTTGATGCGTTgg < 1:1146968/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTgg < 2:1551862/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTgg < 1:1899314/150‑1 (MQ=255) gccgAGGGTGTCCATCGACACCCCCACCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTc < 1:1884260/150‑1 (MQ=255) ccgAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTcc > 2:1606196/1‑150 (MQ=255) gggTGTCGATGGACACCCTCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGccc < 1:1894665/107‑1 (MQ=255) gggTGTCGATGGACACCCTCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGccc > 2:1894665/1‑107 (MQ=255) gggTGTCAATCGACACCCCCTTCTGCGCCGCCTGTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCcagca < 2:275645/150‑1 (MQ=255) ggTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCcagcag > 1:1931200/1‑150 (MQ=255) ggTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGAAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCcagcag > 2:652194/1‑150 (MQ=255) gtgtCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGt > 1:2404116/1‑150 (MQ=255) 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1:552878/130‑1 (MQ=255) cATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCgg < 1:775769/150‑1 (MQ=255) aTCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTgg > 1:154806/1‑129 (MQ=255) aTCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTgg < 2:154806/129‑1 (MQ=255) aTCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCggg > 2:1759600/1‑150 (MQ=255) aTCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCggg > 2:1484201/1‑150 (MQ=255) cGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCGGGTa < 1:794020/150‑1 (MQ=255) | TTCACGTAGTAGTTGTTCAGCCAGCCGGGGTTGTCGCGGTAAGGCCGTTCAACCTGGGCGATCACCTTGTAACTGCGGCCTTCAAG‑‑GGTGAAACGGTTGATTTCCGCCTCGCCCAGCAGGGTCGCCAAGGTGCCGCCGAGGGTGTCCATCGACACCCCCATCTGCGCCGCCTTTGCCCGGTCGATGTCCACCACCACTTCGGGTTTGTCGAAGGCAAGATCGATATCGAGGAAGGCGAACTTGCCCGATTCCTGAGCGCGCGTCTTGATGCGTTGGGCCACGTCCAGCAGTGCCGGGTA > NC_002947/1046084‑1046382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |