| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,047,558 | C→T | 6.5% | D275N (GAC→AAC) | PP_0906 ← | RND family multidrug transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,047,558 | 0 | C | T | 6.5% | 172.3 / 2.3 | 61 | D275N (GAC→AAC) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/30); new base T (2/2); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
CCGCGTGGCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGCGTTGACGCTGGT > NC_002947/1047409‑1047705 | ccGCGTGGCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTc > 2:176385/1‑150 (MQ=255) cgTGGCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGaa < 2:2395845/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGa < 1:1272253/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTACAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGa < 2:502968/150‑1 (MQ=255) tAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGAcc < 1:2138483/150‑1 (MQ=255) ggCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCCGCAATATGGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCgt < 1:1969434/150‑1 (MQ=255) cAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCgtgt > 2:1855797/1‑150 (MQ=255) aTCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCg < 2:1013152/150‑1 (MQ=255) cgctACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGAGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTa < 1:356982/147‑1 (MQ=255) aTACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGt > 2:946277/1‑150 (MQ=255) aTACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGAACGTGTCGTAGt > 2:827078/1‑150 (MQ=255) gTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGGAGTTTTc > 2:615894/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGTTGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGCTATAGACCGATGGGGTGCCGGCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGCTTTCt > 2:1163371/1‑150 (MQ=255) gTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTa > 1:326067/1‑139 (MQ=255) gTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTa < 2:326067/139‑1 (MQ=255) aGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTTGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGAcc > 1:1519595/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTTGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGAcc > 1:314865/1‑150 (MQ=255) tGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTTGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCcgc < 2:314865/150‑1 (MQ=255) 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gCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGCCGTAGTCTTCGGCGCCCCTCTCGACCCGCGCCACATCGCCcagca > 2:144938/1‑150 (MQ=255) atgatgCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAg < 2:1603830/108‑1 (MQ=255) atgatgCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAg > 1:1603830/1‑108 (MQ=255) cgccgcACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCgg < 2:285584/150‑1 (MQ=255) ccgcACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGcc > 2:155120/1‑135 (MQ=255) ccgcACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGcc < 1:155120/135‑1 (MQ=255) 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tGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGt < 2:395490/121‑1 (MQ=255) tGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGt > 1:395490/1‑121 (MQ=255) ggCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGc < 1:1095162/150‑1 (MQ=255) gCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGcc > 2:2128598/1‑150 (MQ=255) cTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGa > 1:1360282/1‑150 (MQ=255) ttGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGAc < 1:827078/150‑1 (MQ=255) ttGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGAc < 2:751963/150‑1 (MQ=255) gATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACtt > 2:2415962/1‑150 (MQ=255) gATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACtt < 2:541232/150‑1 (MQ=255) cGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACCTCGCCCAGCAGCACGCGGCTATCACCGCTGTTCTTGAGCGGCAGCGCGGCGACCGCCTCGGCGGACTTCAGCt > 2:1078480/1‑150 (MQ=255) gATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTc < 1:630424/150‑1 (MQ=255) atatAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCg < 2:612043/150‑1 (MQ=255) tataGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACCTCAGCTCgg < 2:1360282/150‑1 (MQ=255) ccGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTgg < 2:645158/150‑1 (MQ=255) cGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGc > 2:976040/1‑150 (MQ=255) tggggTGCCGTCGAACGAGCGGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGCGtt < 1:1163371/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGCGTTGAc < 1:1855797/150‑1 (MQ=255) gTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGCGTTGACGCTGGt > 1:2219021/1‑150 (MQ=255) | CCGCGTGGCGTCGTAGGCAATCGATACGTTCAGTGCCGAGGGCAGCTGGCTTTCCAGCTCAGGCATGATGCGCCGCACTTCCTTGATGACATCCAGCGGGTTGGCGGCCGGGGTGGCCTTGATGCCGATATAGACCGACGGGGTGCCGTCGAACGAGCTGACCGTGTCGTAGTTTTCTGCGCCCATCTCGACCCGCGCCACATCGCCCAGCAGCACGCGGCTGTCACCGCTGGTCTTGAGCGGCAGGGCGGCGAACGCCTCGGCCGACTTCAGCTCGGTGCTGGCGTTGACGCTGGT > NC_002947/1047409‑1047705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |