| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 151,068 | G→A | 5.3% | intergenic (‑119/+13) | PP_0142 ← / ← PP_0143 | ABC transporter permease/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 151,068 | 0 | G | A | 5.3% | 315.4 / 4.0 | 105 | intergenic (‑119/+13) | PP_0142/PP_0143 | ABC transporter permease/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/45); new base A (4/2); total (58/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CGCTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAGGCACGAT > NC_002947/150925‑151217 | cgcTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGc > 1:1845886/1‑150 (MQ=255) gcTGGGGTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCa > 1:2280648/1‑150 (MQ=255) gggTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCGTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAgggg < 1:500081/150‑1 (MQ=255) ggTTGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggggg < 1:1175344/150‑1 (MQ=255) ttGGTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGGGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGCCAACAGTGACCTGCAGGCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGAGGGTc > 2:972125/1‑150 (MQ=255) gTCATAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTTTGTGTACACTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAAc < 1:1865588/150‑1 (MQ=255) aTAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTAc > 1:245222/1‑150 (MQ=255) aTAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCAGAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTAc > 1:1567072/1‑150 (MQ=255) tAGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCACGGCGATTGCAAGGCAGGGGGTCAACTAcc > 1:1182010/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggg < 1:491466/138‑1 (MQ=255) aGGCTCCATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAggg > 2:491466/1‑138 (MQ=255) cATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGGAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCgggg > 2:592322/1‑150 (MQ=255) cATGCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCgggg > 2:78750/1‑150 (MQ=255) gCAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGca < 2:1601111/150‑1 (MQ=255) cAATTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGcat < 1:1163963/150‑1 (MQ=255) aTTGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagt > 1:761186‑M1/1‑116 (MQ=255) ttGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCAGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGATGGGCAACAGTTTCCTGCAGGCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGcatcat > 2:865839/1‑150 (MQ=255) tggcgcGGCGCTAAGGCTTAGGGGCGGATGATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 2:433174/145‑1 (MQ=255) tGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 1:1653079/150‑1 (MQ=255) tGACTCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt < 2:245222/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCCTTGacc > 1:240282/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGacc > 2:539055/1‑150 (MQ=255) gcGGCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGacc > 1:1664728/2‑150 (MQ=255) ggCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGac > 2:2246578/1‑147 (MQ=255) ggCGCTAAGGCTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGac < 1:2246578/147‑1 (MQ=255) cTTAGGGGCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgc > 2:2390479‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACg > 1:934514/1‑150 (MQ=255) gCTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGc > 2:1123581/1‑150 (MQ=255) cTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaag > 2:210957‑M1/1‑90 (MQ=255) cTGATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaag < 2:761186‑M1/150‑61 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaaggc < 1:210957‑M1/150‑63 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGTGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCAtt > 2:2400731/1‑124 (MQ=255) gATCATAGCGCAGGGGGCATGGGCTGTTTGGTGATTATGTGCTGTGTGTACGCTTGGCAACAGTGACCTGCAGCCGCCTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGa > 1:1900082/1‑150 (MQ=255) 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1:1314911/150‑1 (MQ=255) gccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 1:1416281/150‑1 (MQ=255) ccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt > 1:2453449/1‑149 (MQ=255) ccgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 2:2453449/149‑1 (MQ=255) cgccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTgg < 2:1567072/150‑1 (MQ=255) gccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatc < 1:210957‑M2/150‑89 (MQ=255) gccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt < 1:635110/147‑1 (MQ=255) gccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTtgt > 2:635110/1‑147 (MQ=255) ccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGGACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGt > 2:1786560/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGt > 2:1418828/1‑150 (MQ=255) cTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatcag > 2:210957‑M2/1‑60 (MQ=255) cTTGTGCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatcag < 2:761186‑M2/150‑91 (MQ=255) gtgCTGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAg < 1:934220/150‑1 (MQ=255) gtgCGGCGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAg < 1:1543525/150‑1 (MQ=255) ctgcGCAAGGCAGGGGGTCAACTACCCGCGGGGGCATCATTGACCACCTTGAACCGCAGCACGCCGATCACTTGCCCATCCTCGGTCAGCACCCTCACCTGCCACTTGCCTACCGGGTTGGGCGGGAAGTTCTGCTTGTGGGTCCAGGCa > 2:1936368/1‑150 (MQ=255) gcGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagcgtacacacagcacataatcaccaaacagcccatgccccctgcgctatgatcagcccctaag > 2:2390479‑M1/1‑3 (MQ=255) gcGgttcaaggtggtcaatgatgcccccgcgggtagttgaccccctgccttgcgcagcacaaggcggctgcaggtcactgttgccaagc > 2:207389‑M1/1‑3 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NC_002947/150925‑151217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |