| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,096,740 | G→C | 6.7% | A76G (GCC→GGC) | lptB ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,096,740 | 0 | G | C | 6.7% | 322.1 / 12.7 | 105 | A76G (GCC→GGC) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/51); new base C (4/3); total (51/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGT > NC_002947/1096592‑1096887 | gAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgc > 1:2304757/1‑150 (MQ=255) aaagccTGCTGCAGGAGTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgcg < 1:1257252/146‑1 (MQ=255) aCTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgcgc > 2:1140832/1‑150 (MQ=255) 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ggCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATgg > 1:1382096/1‑150 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCt > 1:1716478/1‑150 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGcc > 2:295162/1‑143 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGcc < 1:295162/144‑2 (MQ=255) tttCCAGCGCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGACTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTAACTGTGGCAGGTAGCCGGTTCCGGCCCGGGCGCGGGGGAGCATGGGcc > 1:1454818/1‑149 (MQ=255) 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cGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGc < 1:820780/150‑1 (MQ=255) ggCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGcc < 1:1898208/150‑1 (MQ=255) gtgcgcGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCaa < 2:509770/96‑1 (MQ=255) gggCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGt < 2:1067808/150‑1 (MQ=255) | GAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGT > NC_002947/1096592‑1096887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |