| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,096,745 | G→C | 7.1% | G74G (GGC→GGG) | lptB ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,096,745 | 0 | G | C | 7.1% | 353.6 / 14.9 | 113 | G74G (GGC→GGG) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/57); new base C (4/4); total (52/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGATA > NC_002947/1096602‑1096892 | agcagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGc > 2:1558774/1‑150 (MQ=255) gcagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCa > 2:2127031/1‑150 (MQ=255) gcagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCa > 2:1898208/1‑150 (MQ=255) 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tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGcc < 1:295162/144‑2 (MQ=255) tttCCAGCGCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGACTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTAACTGTGGCAGGTAGCCGGTTCCGGCCCGGGCGCGGGGGAGCATGGGcc > 1:1454818/1‑149 (MQ=255) ccAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggt < 1:411364/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGGCGGTTTCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtg > 2:1104816/1‑150 (MQ=255) aGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGTGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtgg < 1:1735362/150‑1 (MQ=255) 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ggCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGcc < 1:1898208/150‑1 (MQ=255) gtgcgcGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCaa < 2:509770/96‑1 (MQ=255) gtgcgcGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCaa > 1:509770/3‑98 (MQ=255) gggCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGt < 2:1067808/150‑1 (MQ=255) ggccgcgCCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGt < 2:2021844/147‑1 (MQ=255) gcgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTTACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGAt < 1:491824/150‑1 (MQ=255) gcgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGAt < 1:491700/150‑1 (MQ=255) gcgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGAt < 2:1382096/150‑1 (MQ=255) cgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCgg > 2:1931133/1‑51 (MQ=255) cgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCgg < 1:1931133/51‑1 (MQ=255) cgGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGATa < 1:10910/150‑1 (MQ=255) | AGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGATA > NC_002947/1096602‑1096892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |