Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,151,972 | C→T | 7.6% | Q231* (CAG→TAG) ‡ | edd → | phosphogluconate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,151,972 | 0 | C | T | 7.6% | 294.2 / 11.1 | 105 | Q231* (CAG→TAG) ‡ | edd | phosphogluconate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/55); new base T (4/4); total (45/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGA > NC_002947/1151823‑1152120 | ggTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACaccaacca < 1:1612582/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACAAg < 1:1664532/150‑1 (MQ=255) cGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACAACAGCCTCATAACCTGCACCTTCTACGTCACCGCCAACACCAACCAGTTGGt > 2:145271/1‑150 (MQ=255) gCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGa < 1:2397559/150‑1 (MQ=255) aTCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATg < 1:2328787/150‑1 (MQ=255) tcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 2:2184828/150‑1 (MQ=255) tcCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCAAACACCAACCAGTTGGTGATGGaa < 1:852214/150‑1 (MQ=255) ccAACCAGCAGAAGGCCGATGTGCCCCAGCGCTATGCCGACCGCGAGCACCAGCC‑AGAAAATGGAATGGGGTGCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAg < 1:280554/150‑1 (MQ=255) 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tgcacctTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGCCTTAGTGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAg < 1:145271/150‑1 (MQ=255) tgcacctTCTACGGCACCGACAACCCCAACCTGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAg < 2:857799/150‑1 (MQ=255) gcacctTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAgg > 2:1752045/1‑150 (MQ=255) cacctTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGc < 1:1585697/150‑1 (MQ=255) ttCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCGGGTGACGCGCATGa < 2:2259005/139‑1 (MQ=255) ttCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCGGGTGACGCGCATGa > 1:2259005/1‑139 (MQ=255) tCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCTGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCg < 1:25615/150‑1 (MQ=255) tACGGCACCGCCAACACCAACCAAATGACGACGACAGTGTTCAGTAAGCACGGGGCGGGCTGCTCTGTGGTCGGCGCGTACTCGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGc > 2:1466572/1‑150 (MQ=255) aCGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCAccgccg > 2:1234523/1‑108 (MQ=255) cGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCgcagca < 2:455664/114‑1 (MQ=255) cGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCgcagca > 1:455664/1‑114 (MQ=255) ccATCACCAACTGGTTGGTGTTGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGc < 1:3830/150‑1 (MQ=255) ccAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGc < 1:1057970/150‑1 (MQ=255) cAACACCAAACAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGa < 2:1207878/84‑1 (MQ=255) cAACACCAAACAGTTGGTGAGGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGa > 1:1207878/1‑84 (MQ=255) accaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTg > 2:815510/1‑150 (MQ=255) ccaaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTgg < 2:1633083/150‑1 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTTGTAAAGGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTggg > 2:1901270/1‑150 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGAc > 2:2430175/1‑120 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTggg > 2:681888/1‑150 (MQ=255) caaccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAACCTCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTggg < 1:323776/150‑1 (MQ=255) ccaGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGa > 2:2070766/1‑150 (MQ=255) | TGGTTTCCGGCATCTCCAACAAGCAGAAGGCCGATGTGCGCCAGCGCTATGCCGAAGGCAAG‑GCCAGCCGCGAAGAGCTGTTGGAGTCCGAGATGAATTCCTACCACAGCCCCGGCACCTGCACCTTCTACGGCACCGCCAACACCAACCAGTTGGTGATGGAAGTGATGGGGCTGCACCTGCCGGGCGCCTCGTTCGTCAACCCGTACACGCCGCTGCGTGACGCACTCACCGCCGAGGCTGCGCAGCAGGTGACGCGCATGACCAAGGCCAGCGGCAGCTTCATGCCGCTGGGCGA > NC_002947/1151823‑1152120 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |