| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,199,573 | C→G | 5.4% | A141G (GCC→GGC) | gspF → | protein secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,199,573 | 0 | C | G | 5.4% | 441.2 / 11.0 | 140 | A141G (GCC→GGC) | gspF | protein secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/73); new base G (5/3); total (64/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCAAACT > NC_002947/1199425‑1199720 | cAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGcc < 1:1274121/150‑1 (MQ=255) cctgccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAg < 2:834412/150‑1 (MQ=255) cctgccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAg > 1:317879/1‑150 (MQ=255) ctgccctgcACCGCGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCCGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAgg > 2:938084/1‑150 (MQ=255) ctgccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAgg < 1:1436480/150‑1 (MQ=255) tgccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGt > 2:2025292/1‑150 (MQ=255) tgccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGt > 2:12961/1‑150 (MQ=255) gccctgcACAGTGTGCTTGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTg > 1:1078071/1‑150 (MQ=255) ccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGc < 1:859217/150‑1 (MQ=255) ccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTCTCCTGCGCGCTTGTCGATGCCGGCAAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGc < 2:273162/150‑1 (MQ=255) cctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGcc < 1:1815939/150‑2 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTgatc < 1:83199/150‑4 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGccc < 1:2025292/150‑3 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTg > 2:586910/1‑150 (MQ=255) gcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGAc < 1:333932/150‑1 (MQ=255) gcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGAc < 2:1639474/150‑1 (MQ=255) gcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCNGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTCGTCGCGGCCGGCGCACGTTTCGGGCACCTGGCCCCGGTGCTGAc > 1:2134117/1‑150 (MQ=255) cacaGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGa < 2:1443462/148‑1 (MQ=255) cacaGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGa > 1:1443462/1‑148 (MQ=255) acaGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGAccc < 2:317879/150‑1 (MQ=255) acaGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGAccc < 1:2360979/150‑1 (MQ=255) aGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGc < 2:1431686/150‑1 (MQ=255) tggtggCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCg > 2:2198643/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCt > 1:670284/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGaccac > 2:1897481/1‑147 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGaccac < 1:1897481/147‑1 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTg > 1:1015372/1‑150 (MQ=255) cgcgGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAg < 2:1706925/150‑1 (MQ=255) 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tGCGCGCTGGTCGAGACCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGcc < 2:1037565/150‑1 (MQ=255) cgcgcTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCgt < 2:121889/150‑1 (MQ=255) gcTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCgtggt < 1:12961/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGAt < 1:696487/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGCCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGAT‑GGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGAtt < 1:938084/150‑1 (MQ=255) cGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTgg < 1:518117/150‑1 (MQ=255) gAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGc < 2:2280662/150‑1 (MQ=255) gAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGc < 1:920194/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACTCAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGgtgt > 1:1973412/1‑126 (MQ=255) ggCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGgtgt < 2:1973412/126‑1 (MQ=255) ccGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCtga < 2:1015757/150‑1 (MQ=255) ccGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGAGCCGCGTCAGGGATACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCACTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCtga < 2:1380612/150‑1 (MQ=255) cGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATGTACCCCGCTGTGCTGATGCGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCtgat > 2:1250315/1‑150 (MQ=255) aaCGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCACCACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGt < 1:156755/150‑1 (MQ=255) gTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTtcg > 1:2355934/1‑150 (MQ=255) gTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTtcg > 2:867781/1‑150 (MQ=255) 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CAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCAAACT > NC_002947/1199425‑1199720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |