| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 164,462 | A→T | 6.2% | L332Q (CTG→CAG) | pntB ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 164,462 | 0 | A | T | 6.2% | 249.9 / 5.1 | 81 | L332Q (CTG→CAG) | pntB | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/42); new base T (3/2); total (36/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GTACGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGAT > NC_002947/164314‑164607 | gTACGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAg < 1:1327194/150‑1 (MQ=255) ggCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCg > 1:2219184/1‑150 (MQ=255) gCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTACTCTGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGt > 1:1730483/1‑150 (MQ=255) cACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTa < 2:2161176/150‑1 (MQ=255) cTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGc < 2:2362900/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc > 2:1525030/1‑144 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGcc < 1:1525030/144‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGc < 2:565816/149‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGc > 1:565816/1‑149 (MQ=255) cAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGCCCCGCCACCGGCTGCAACGCATCCTTCACGGACCCGGCGGTGTGTGTCTGCTTCTCGGTCTGCTCGTTCATGGCGGGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCg < 2:1464842/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGTGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGaa > 2:483676/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGaa > 2:340619/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGaa < 1:2229052/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAAc > 1:1404493/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACga < 2:641226/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGTACGGTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGCGTGCCCCGCATGCTGCTCTGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACgatga < 2:1024200/150‑1 (MQ=255) cagTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCAc > 1:1865082/1‑150 (MQ=255) gTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGc > 1:2277734/1‑150 (MQ=255) 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aTGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACga > 1:51155/1‑133 (MQ=255) gCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGc < 1:1912976/150‑1 (MQ=255) cccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 2:957225/1‑150 (MQ=255) cccGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCt > 1:210495/1‑150 (MQ=255) cGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGa < 2:2277734/150‑1 (MQ=255) cGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGa < 1:2106675/150‑1 (MQ=255) cGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGa > 2:162840/1‑150 (MQ=255) ggCCTACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCCCGCTGTCGGCGTTGCTGAGc < 2:1404493/150‑1 (MQ=255) gCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCt < 1:570445/133‑1 (MQ=255) gCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCt > 2:570445/1‑133 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |