| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,366,557 | A→T | 5.2% | V50D (GTC→GAC) | PP_1191 ← | S4 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,366,557 | 0 | A | T | 5.2% | 340.1 / 5.3 | 113 | V50D (GTC→GAC) | PP_1191 | S4 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/52); new base T (4/2); total (58/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGAC > NC_002947/1366411‑1366703 | gggCGCGGACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTGATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGAcgc < 2:414775/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgctgc < 2:573772/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCGCGTCGAgctgctgc < 2:797720/150‑1 (MQ=255) cGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgctgct < 1:2300071/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCAGCAGCAGCGCGTCGAgctgctgccg < 2:763510/150‑3 (MQ=255) cTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACCGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCaa < 2:1477246/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAAc < 1:1256566/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAAc > 1:2032343/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAAcc < 1:770731/150‑1 (MQ=255) cgGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgctg < 1:2416240/140‑1 (MQ=255) cgGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgctg > 2:2416240/1‑140 (MQ=255) tGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAAc > 2:227723/1‑150 (MQ=255) gCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGc < 1:2222328/150‑1 (MQ=255) 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ggCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCAt < 1:1042716/143‑1 (MQ=255) gcgcGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGtt > 2:2292527/1‑150 (MQ=255) gcgGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAc < 2:756354/150‑1 (MQ=255) gcgGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCAGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAc < 1:2443731/150‑1 (MQ=255) gggCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAccc > 1:2354062/1‑150 (MQ=255) 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tttCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCTACTCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGaacg < 1:683915/150‑4 (MQ=255) tttCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGc > 1:1681467/1‑150 (MQ=255) ttCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCg > 2:1036853/1‑150 (MQ=255) ggCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGttt < 2:321834/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGa < 1:1996712/122‑1 (MQ=255) gCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGa > 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(MQ=255) gcagcaGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACgg < 2:434860/150‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACgg > 1:229464/1‑150 (MQ=255) gcagcaGCGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACgg > 1:730151/1‑150 (MQ=255) cagcagCGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGAAGAGGCGTTTGGACAGGCGGACggg > 2:1010255/1‑150 (MQ=255) gcagcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGtt < 2:2255355/150‑1 (MQ=255) gcagcGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGtt > 2:1382709/1‑150 (MQ=255) agcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCg > 1:1642533/1‑150 (MQ=255) cTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGa < 2:2028400/150‑1 (MQ=255) tCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAgctgc > 2:2268206/1‑114 (MQ=255) tCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAgctgc < 1:2268206/114‑1 (MQ=255) tCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGAc < 2:1202568/150‑1 (MQ=255) tCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGAc < 2:1202045/150‑1 (MQ=255) | GGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGC‑‑CTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGAC > NC_002947/1366411‑1366703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |