| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,425,663 | A→G | 8.8% | intergenic (+58/‑447) | PP_1249 → / → PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,425,663 | 0 | A | G | 8.8% | 389.4 / 17.7 | 133 | intergenic (+58/‑447) | PP_1249/PP_1250 | DUF4223 domain‑containing protein/group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/54); new base G (6/6); total (73/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACCTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGC > NC_002947/1425516‑1425812 | aCCTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGACCCAAGGCCCCCGGTCATGcacc > 2:1435305/1‑149 (MQ=255) aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgg < 1:1552772/150‑1 (MQ=255) aCTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgg < 1:351318/150‑1 (MQ=255) tACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg > 2:1040148/1‑150 (MQ=255) tACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg > 1:1413739/1‑150 (MQ=255) tACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCgggg < 1:234333/150‑1 (MQ=255) aCCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCggggg > 2:1399723/1‑150 (MQ=255) ttCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGttttt > 1:640202/1‑150 (MQ=255) ccACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTtgt < 2:2109543/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑gc < 1:1425138/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑gc > 1:1833135/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCgggg > 1:2331629/1‑137 (MQ=255) cTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCgggg < 2:2331629/137‑1 (MQ=255) tttCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGttttt < 1:2194069/137‑1 (MQ=255) tttCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGttttt > 2:2194069/1‑137 (MQ=255) ccATCTCCAAGATCATCGGTGGTTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGCCATGTGCATGACCggg > 1:201744/1‑127 (MQ=255) cATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATgg > 2:2012527/1‑150 (MQ=255) tcCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGcgcg > 2:1687468/1‑150 (MQ=255) cAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg < 2:52159/121‑1 (MQ=255) cAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg > 1:52159/1‑121 (MQ=255) cAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGt < 1:906369/123‑1 (MQ=255) cAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGt > 2:906369/1‑123 (MQ=255) cAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGtt > 2:241758/1‑150 (MQ=255) tcGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTAt < 2:2204469/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTTATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCATACgcgc > 2:2289726/1‑150 (MQ=255) ggCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCa > 1:208099/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTTATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCATACGCGCAAc < 1:2289726/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCATACGCGCAAc < 1:2354189/150‑1 (MQ=255) cgatcgatAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGATGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGCGGTTTTGGGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTgg < 1:436670/150‑1 (MQ=255) cgatcgatAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTgg > 1:1866574/1‑150 (MQ=255) atcgatAAACTGCCTCAGCAGCCGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGGCGGGGGGTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CGGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGGATGCGCAACCCGCGTGGtt > 2:308089/1‑150 (MQ=38) atcgatAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGtt < 2:885920/150‑1 (MQ=255) gatAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg > 1:1392623/1‑150 (MQ=255) atAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCgggg > 2:63996/1‑92 (MQ=255) atAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtgg > 1:1700886/1‑150 (MQ=255) tAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTCGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTgtggt > 2:660153/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg > 2:1779805/1‑150 (MQ=255) tGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑a > 2:2003536/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCATACGCGCAAcgc > 2:2079188/1‑126 (MQ=255) tCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCATACGCGCAAcgc < 1:2079188/128‑3 (MQ=255) tCAGCAAAAGTAATCTTGGCGGTACACTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGAAACAAGGCCCCCGGTCATGCACATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTg > 2:1048264/1‑150 (MQ=25) cagcagcagTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTgg < 2:1866574/150‑1 (MQ=255) agcagTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGa < 2:1394100/150‑1 (MQ=255) gcagTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGAc > 2:551030/1‑150 (MQ=255) tAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGt < 2:964250/139‑1 (MQ=255) tAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGt > 1:964250/1‑139 (MQ=255) tAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTgg > 1:799156/1‑150 (MQ=255) aTCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTtgtgt > 1:152652/1‑80 (MQ=255) aTCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTtgtgt < 2:152652/80‑1 (MQ=255) ttGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCAGATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTAACTTGGAGGTg > 2:1258220/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTACGCGTCTGCGAAAGTTACTT‑GTTTTGGTTTCCTAAGTGTGTGACTTGGAgctc > 2:624520/1‑147 (MQ=25) gCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGaaa < 2:1413739/150‑1 (MQ=255) gTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCAGGCACATGCCCGGGGACCTTTGTGTACGCGCAACCGGCAATGGC‑C‑‑‑ACGC‑AAGGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGCCACAGGGGTGAAAGTc > 1:544293/1‑150 (MQ=12) aCCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCct < 1:1043882/150‑1 (MQ=255) cccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGc > 1:1054311/1‑120 (MQ=255) cccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGc < 2:1054311/120‑1 (MQ=255) cccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctc < 1:1278093/150‑1 (MQ=255) ccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCggg < 2:211558/56‑1 (MQ=255) ccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCggg > 1:211558/1‑56 (MQ=255) ccTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCctct > 1:468330/1‑150 (MQ=255) cTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTa < 1:1687468/150‑1 (MQ=255) cgACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCTCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACAccc > 2:741714/1‑150 (MQ=255) gACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTAt > 1:190925/1‑85 (MQ=255) gACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTAt < 2:189924/85‑1 (MQ=255) gCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTa > 2:1349644/1‑81 (MQ=255) gCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTa < 1:1349644/81‑1 (MQ=255) ttGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAg > 1:658759/1‑150 (MQ=255) ggcgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg < 1:1254189/149‑1 (MQ=255) ggcgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAgggg > 2:1254189/1‑149 (MQ=255) ggcgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGa < 2:2340695/150‑1 (MQ=255) gcgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGaa < 1:2003536/150‑1 (MQ=255) cgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGT‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCACCCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAg < 1:417628/150‑1 (MQ=255) cgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacacac < 2:1477334/136‑1 (MQ=255) cgTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTacacac > 1:1477334/1‑136 (MQ=255) gATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAAAATGTGTGGGTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAgtgt > 1:1860661/1‑150 (MQ=17) aTCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGtt > 2:780052/1‑150 (MQ=255) tCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTa > 1:1063828/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGc > 1:800111/1‑150 (MQ=255) aGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTgc > 1:2271812/1‑59 (MQ=255) aGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCg < 1:660153/150‑1 (MQ=255) gCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGa > 2:2295992/1‑150 (MQ=255) cccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 1:1080709/150‑1 (MQ=255) cccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg > 1:317971/1‑150 (MQ=255) cccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAg < 2:317971/150‑1 (MQ=255) cccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGt < 2:2296103/96‑1 (MQ=14) cccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGt > 1:2296103/1‑96 (MQ=14) ccccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGGGGGCCGGAgg > 1:118288/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg > 2:1907343/1‑81 (MQ=14) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg > 2:2063086/1‑81 (MQ=14) ccccGGCCATGTGCATGACCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTtgtg < 1:1907343/81‑1 (MQ=14) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGa < 1:1339134/102‑1 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGa > 2:1339134/1‑102 (MQ=255) cccGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGc > 1:2400270/1‑150 (MQ=255) cGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCaa > 2:2258340/1‑150 (MQ=255) aTGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGgtg > 2:531006/1‑150 (MQ=255) acaTGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAg > 1:1190112/1‑92 (MQ=255) acaTGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAg < 2:1190112/92‑1 (MQ=255) acaTGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTcgc > 2:808491/1‑150 (MQ=39) acaTGGCCGGGGG‑TTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg < 1:2057635/72‑1 (MQ=255) acaTGGCCGGGGG‑TTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGtggtgg > 2:2057635/1‑72 (MQ=255) | ACCTACGACTACCTGTTCCACCCTTCGGTTTCCATCTCCAAGATCATCGGTGGCTGCGGCCCGATCGATAAACTGCCTCAGCAGCAGTAATCTTGGCGGTACCCTGATCGCGACGCTTGCGGCGTGATCCAAGGCCCCCGGTCATGCACATGGCCGGGGGTTTTTGTGT‑‑GCGC‑‑CAGGC‑ATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCC‑AAGTGGGTGACTTGGAGGTGAAAGTCCTCTACACACCCGGCAAGGGGAAGTGTTAGCCGGAGGCAAGGGTGTCGC > NC_002947/1425516‑1425812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |