| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,493,494 | A→T | 5.7% | W462R (TGG→AGG) | PP_1306 ← | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,493,494 | 0 | A | T | 5.7% | 313.5 / 4.6 | 103 | W462R (TGG→AGG) | PP_1306 | Pyocin S‑type killer domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/55); new base T (4/2); total (46/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTCTCAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGGTGT > NC_002947/1493346‑1493641 | ttCTCAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccag < 1:895118/150‑1 (MQ=255)ttCTCAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccag > 1:1200621/1‑150 (MQ=255)ttCTCAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATggccag > 2:186591/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGCGTTGATGGCCAGGACGTGTCGAGGGGGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGAt > 2:1402156/1‑150 (MQ=255) aGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGc > 1:769828/1‑137 (MQ=255) aGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGc < 2:769828/137‑1 (MQ=255) ttgcgATGGCCTGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTAc > 2:2389771/5‑150 (MQ=255) ttgcgATGGCCTGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTAc > 2:1159295/5‑150 (MQ=255) 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1:1807929/1‑150 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAg > 2:252857/1‑35 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAg > 2:251519/1‑35 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAg < 1:252857/35‑1 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAg < 1:251519/35‑1 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGgtgt > 2:2126978/1‑150 (MQ=255) ccaggccaTCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGgtgt > 2:2125869/1‑150 (MQ=255) | TTCTCAACCCCCGCCAGAAGGTAGGGCAGGTCGATGCTGGTCGAGGATGCCGCCAAGGCAGCAAGGTCGGGCCCACCGGCAGGGCTAAGGCTGTCGAGTGGGGTGCTGATGAGGTACTGGCGTTCACTGTTGCCCAGCGTTGATGGCCAGGCCATCGCAAGGGTGCCTACTGCGACCGAAGGGACAGTCGTAGCAACAAGCCGGGTAAGTGCCGCTGCGATCGATTCAGCCAAGGCAGAGTAAGCCGCTTCGGCTACGGCAAAAGTGGTAGCCCCAATTGGGATTACGGCAGGTGT > NC_002947/1493346‑1493641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |