| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,534,931 | 0 | T | C | 8.5% | 291.0 / 12.8 | 107 | intergenic (+80/‑103) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/42); new base C (3/6); total (59/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGG > NC_002947/1534788‑1535080 | cAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCa < 2:416849/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACgg > 1:382498/1‑150 (MQ=255) ggTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtg > 2:356810/1‑150 (MQ=255) 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cacaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCATTTTTCGACCTCCTCCGGTGGTCTTTTATTTCCCGAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGccagatcgg > 2:2366399/1‑143 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCGTTGCCCACACTGc > 2:1123292/1‑150 (MQ=255) acaGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGATGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGc > 1:2230087/1‑150 (MQ=255) aGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCAc > 1:305102/1‑150 (MQ=255) cgcgCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCttttt > 1:1336406/1‑77 (MQ=255) cgcgCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCttttt < 2:1336406/77‑1 (MQ=255) 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2:1960665/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 1:268151/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCggg < 1:2353872/150‑1 (MQ=255) | CAACGAGCCGTGCTGGTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTG‑TGTCGCGATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGG > NC_002947/1534788‑1535080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |