Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,547,946 | C→A | 7.1% | L71M (CTG→ATG) ‡ | PP_1358 → | heme iron utilization protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,547,946 | 0 | C | A | 7.1% | 314.0 / 9.2 | 98 | L71M (CTG→ATG) ‡ | PP_1358 | heme iron utilization protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/45); new base A (3/4); total (49/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGG > NC_002947/1547801‑1548090 | aGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGctgatcctgatc < 1:999282/150‑1 (MQ=255) tACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAg > 2:1714941/1‑150 (MQ=255) ccAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCAGGATCAGcg < 2:687146/150‑2 (MQ=255) cAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCg > 2:1618956/1‑150 (MQ=255) cAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCg > 1:1389311/1‑150 (MQ=255) aaCGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGc > 2:1326974/1‑150 (MQ=255) cGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCAt > 1:2398183/1‑150 (MQ=255) gCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCAtt < 1:328558/150‑1 (MQ=255) cATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGc > 1:457114/1‑150 (MQ=255) gccccgcccGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGc < 2:2315216/150‑1 (MQ=255) gccccgcccGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGc > 2:534581/1‑150 (MQ=255) cccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACCTTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACAccc < 1:2091734/150‑1 (MQ=255) cccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACAccc < 1:514549/150‑1 (MQ=255) 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cGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTaa > 1:1178232/1‑150 (MQ=255) gTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGAtgt > 2:1675941/1‑123 (MQ=255) gTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGAtgt < 1:1675941/123‑1 (MQ=255) gTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAAt > 1:1018305/1‑150 (MQ=255) aCTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTATGGCGCCTGACGGTAATgg < 1:53964/150‑1 (MQ=255) cTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTCATCCTGCTCAGCCGCATTGCCCACCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGc > 1:2201757/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTgggg > 1:1283079/1‑99 (MQ=255) tGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCAGTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTgggg < 2:1283079/99‑1 (MQ=255) ccTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGCTCAGCCGCATTGCCCAGCCCACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGa > 1:1494695/1‑150 (MQ=255) cTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGaa > 2:231804/1‑150 (MQ=255) cTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGaa < 2:1178232/150‑1 (MQ=255) ccAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGAc > 1:2048614/1‑129 (MQ=255) ccAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGAc < 2:2048614/129‑1 (MQ=255) ccAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACaa > 1:135931/1‑150 (MQ=255) ggC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTg < 2:1018305/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTg > 1:90594/1‑48 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTg < 2:90594/48‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTc > 1:1624468/1‑150 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAgg < 1:1754949/110‑1 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAgg > 2:1754949/1‑110 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:1790593/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:2240781/150‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAaga > 1:1392442/1‑150 (MQ=255) ctgatcctgagcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAagag < 2:2088822/150‑1 (MQ=255) tgatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAgg < 2:1624468/150‑1 (MQ=255) | GAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGG > NC_002947/1547801‑1548090 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |