| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,547,947 | T→G | 7.1% | L71R (CTG→CGG) ‡ | PP_1358 → | heme iron utilization protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,547,947 | 0 | T | G | 7.1% | 280.2 / 12.2 | 98 | L71R (CTG→CGG) ‡ | PP_1358 | heme iron utilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/45); new base G (3/4); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGCCGTCA > NC_002947/1547801‑1548096 | gAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGctgatcctgat < 1:669712/150‑1 (MQ=255) aGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGctgatcctgatc < 1:999282/150‑1 (MQ=255) tACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAg > 2:1714941/1‑150 (MQ=255) 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ccAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACaa > 1:135931/1‑150 (MQ=255) ggC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTg < 2:1018305/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTg > 1:90594/1‑48 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTg < 2:90594/48‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTc > 1:1624468/1‑150 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAgg < 1:1754949/110‑1 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAgg > 2:1754949/1‑110 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:2240781/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:1790593/150‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAaga > 1:1392442/1‑150 (MQ=255) ctgatcctgagcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAagag < 2:2088822/150‑1 (MQ=255) tgatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAgg < 2:1624468/150‑1 (MQ=255) tgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGCCGTCa > 2:614395/1‑150 (MQ=255) | GAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGC‑CCAGGGC‑AACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGCCGTCA > NC_002947/1547801‑1548096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |