| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,576,803 | G→C | 5.2% | intergenic (‑281/+32) | galP‑II ← / ← ttgC | porin‑like protein/efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,576,803 | 0 | G | C | 5.2% | 301.4 / 6.1 | 97 | intergenic (‑281/+32) | galP‑II/ttgC | porin‑like protein/efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/41); new base C (2/3); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
TTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAGGCGGTC > NC_002947/1576655‑1576951 | ttCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAgg > 1:848227/1‑150 (MQ=255)ttCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTGCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAgg < 2:440803/150‑1 (MQ=255) gcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGc < 1:703708/150‑1 (MQ=255) gcAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGc > 1:2087950/1‑150 (MQ=255) cAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCt > 1:1562068/1‑150 (MQ=255) acggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTc < 2:60227/150‑1 (MQ=255) cggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt > 1:1061956/1‑150 (MQ=255) cggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt < 2:1949165/150‑1 (MQ=255) cggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGAGAAGGGTGGGCTTTCt > 1:1061969/1‑150 (MQ=255) cggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCCTTATCGGTGGGCtttgt < 2:1918665/150‑3 (MQ=38) ggaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCCTTATCGGTGGGCtttgtt < 2:1050026/150‑4 (MQ=38) gaacggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGAGGAAACAGCCGCGGCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGc > 2:2300894/1‑150 (MQ=255) acggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCtt > 2:1456951/1‑150 (MQ=255) cggGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCttt < 1:1043152/150‑1 (MQ=255) gggCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCCCAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTg > 1:950696/1‑150 (MQ=255) gggCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTg < 2:1470226/150‑1 (MQ=255) gATAATCGAACGGAATATACCGGTTGGAAAAGCACCCTTCTGGCACGGCCTCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGCTTGCGCCCAGCCGCCACCGCCCGTAAAAAAAAAGCCCACCCAAAAAGGTCCGCTTTCTGCCTTTCcaac > 2:251221/1‑150 (MQ=255) tCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGcaacaa > 2:1827/1‑147 (MQ=255) tCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGcaacaa < 1:1827/147‑1 (MQ=255) tCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGc > 2:932574/1‑150 (MQ=255) aaCGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTc > 2:1887001/1‑130 (MQ=255) aaCGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTc < 1:1887001/130‑1 (MQ=255) tGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCt > 2:916208/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCg < 1:1233408/150‑1 (MQ=255) ggttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGgt < 1:1526156/150‑1 (MQ=255) gttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGt < 1:2260049/108‑1 (MQ=255) gttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGt > 2:2260049/1‑108 (MQ=255) gttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAg > 2:1699955/1‑140 (MQ=255) gttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAg < 1:1699955/140‑1 (MQ=255) gttggttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGgtg > 1:2175822/1‑150 (MQ=255) gttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTc < 1:932574/150‑1 (MQ=255) ttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCtttt > 2:802367/1‑118 (MQ=255) ttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCtttt < 1:802367/118‑1 (MQ=255) ttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTcc > 1:2050291/1‑150 (MQ=255) ttAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTcc > 1:433224/1‑150 (MQ=255) aataaCTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCAc > 1:48995/1‑150 (MQ=255) taaCTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt > 1:2436361/1‑108 (MQ=255) taaCTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt > 1:2444075/1‑108 (MQ=255) taaCTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt < 2:2436361/108‑1 (MQ=255) taaCTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCt < 2:2444075/108‑1 (MQ=255) tcttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGc < 2:1061956/150‑1 (MQ=255) tcttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTGTCCAACGATGc < 2:1061969/150‑1 (MQ=255) ttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTc > 1:1985960/1‑131 (MQ=255) ttctGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTc < 2:1985960/131‑1 (MQ=255) ggggCGGCCTTTTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCGGTAAAAACAAAGCCCCCCGCTAAGGGTGGGCTCCCTGCTTTTGCAATTCGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCctgctg < 1:1354563/150‑1 (MQ=255) gggCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAg < 2:575015/111‑1 (MQ=255) gggCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAg > 1:575015/1‑111 (MQ=255) ggcCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAGGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTgg < 1:1704750/150‑1 (MQ=255) 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ttGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAgc < 1:916208/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCtt > 2:368983/1‑150 (MQ=255) cccAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCtt < 2:617310/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTg > 1:507296/1‑150 (MQ=255) aGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCgg > 1:2321301/1‑81 (MQ=255) aGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCgg < 2:2321301/81‑1 (MQ=255) 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2:1667513/150‑1 (MQ=255) aGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGAc < 2:633498/142‑1 (MQ=255) aGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGAc > 1:633498/1‑142 (MQ=255) aGGGTGGGCTTTCTGCGTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAGGCGGtc < 1:431931/150‑1 (MQ=255) | TTCGCCGCAAACGGAACGGGGCGATAATCGAACGGAATGTTCCGGTTGGTTAATAACTCTTCTGGGGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCTTGCGCCCAGCCGGCACAGGCAGTAAAAACAAAGCCCACCGATAAGGGTGGGCTTTCTGCTTTTGCAACAAGGCCGATCAGCCTTTCGGTGTTTCCACCGATGCCTGCTGGTTGGCCTGCCCGGTCTGCTCGTACCAGCCACCGCCAAGCGCCTTGTACAGGTTGACCTCGCTGGTCAGCTGCGACAGGCGGTC > NC_002947/1576655‑1576951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |