| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,593,400 | A→C | 9.5% | intergenic (‑80/+40) | PP_1398 ← / ← PP_1399 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,593,400 | 0 | A | C | 9.5% | 339.5 / 25.0 | 127 | intergenic (‑80/+40) | PP_1398/PP_1399 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/52); new base C (8/4); total (71/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGGGACCGACGATGGCATTGAACGGGTCGTGCGGCAGGCCGTGGCCTTTGGCGGGTTCGTAGTAATACATCTGTGCTGGGCTTGTTGGCCCTACCTCCTGGTGGACAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGT > NC_002947/1593251‑1593546 | ggggACCGACGATGGCATTGAACGGGTCGTGCGGCAGGCCGTGGCCTTTGGCGGGTTCGTAGTAATACATCTGTGCTGGGCTTGTTGGCCCTACCTCCTGGTGGACAAGGTGCCTAGTGTGCCAATCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCa < 2:833848/150‑1 (MQ=255) gggACCGACGATGGCATTGAACGGGTCGTGCGGCAGGCCGTGGCCTTTGGCGGGTTCGTAGTAATACATCTGTGCTGGGCTTGTTGGCCCTACCTCCTGGTGGACAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCaa < 2:1493310/150‑1 (MQ=255) gggACCGACGATGGCATTGAACAGGTCGTGCGGCAGGCCGTGGCCTTTGGCGGGTTCGTAGTAATACATCTGTGCTGGGCTTGTTGGCCCTACCTCCTGGTGGACAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCGGCAAATGATCaa < 2:1144194/150‑1 (MQ=255) 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tCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCg > 1:1492787/1‑117 (MQ=255) tCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCg < 2:1492787/117‑1 (MQ=255) tgattgcgagcacCCAGCCCGGCTTCGGCCGGGCTTGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCg > 1:650273‑M1/14‑115 (MQ=255) gCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGGCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGcc > 1:412238/1‑150 (MQ=255) cTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑Cgg > 2:1140332/1‑80 (MQ=255) cTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑Cgg < 1:1140332/80‑1 (MQ=255) tGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTGAACCG‑CGTGGGGGTC‑GCAGCGAATCGTTGGCCACCGGTGCGGCTGAAGCCCGCTTCAGCGAAGCGTTGGCCAcc > 1:1224433/1‑150 (MQ=21) gCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTGGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCg > 1:143599/1‑150 (MQ=255) gagcacCCAGCCCGGCTTCGGCCGGGCTTGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa < 2:1957809‑M1/113‑1 (MQ=255) gagcacCCAGCCCGGCTTCGGCCGGGCTTGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGaa > 1:1957809‑M1/7‑119 (MQ=255) aaTGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTg > 1:967800/1‑150 (MQ=255) gagcAAGCCCGGCTGACGGCGGGCGGGGTGCTCGCAATCGGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTGGGTG‑‑CGGTCGAAGCGGTCTTCAGCGAAGCGGTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCgg < 2:234561/147‑1 (MQ=18) gATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCgg > 2:1113197/1‑150 (MQ=255) acCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGt < 1:519273‑M1/148‑1 (MQ=255) | GGGGACCGACGATGGCATTGAACGGGTCGTGCGGCAGGCCGTGGCCTTTGGCGGGTTCGTAGTAATACATCTGTGCTGGGCTTGTTGGCCCTACCTCCTGGTGGACAAGGTGCCTAGTGTGCCAAGCCTGAGCTCGCCTGCAAATGATCAAGCCCGGCCGAAGCCGGGCTGGGTGCTCGCAATCAGGTATCAGCTGATGCGGTGCGCGTTGGTG‑‑CGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGTCGAAGCCGTCTTCAGCGAAGCGTTGGCCACCGGTGCGGT > NC_002947/1593251‑1593546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |