Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,622,230 | G→A | 5.6% | E368K (GAG→AAG) ‡ | PP_1421 → | sensor histidine kinase TctE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,622,230 | 0 | G | A | 5.6% | 436.5 / 10.1 | 142 | E368K (GAG→AAG) ‡ | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/70); new base A (4/4); total (68/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CCGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCG > NC_002947/1622081‑1622378 | cGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGTGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGGGCCGACATTGCTCAACGa > 1:1085270/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGa < 2:1359353/150‑1 (MQ=255) cGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGATGAAATGTAGAGCCGACATTGCTCAACGa > 2:553183/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATAGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGa > 2:709134/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAg < 2:2280627/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttgtt > 2:1526128/1‑150 (MQ=255) gTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGa < 2:2162103/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGa < 2:1158254/150‑1 (MQ=255) 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cTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCt‑ggtg < 1:311939/150‑1 (MQ=255) tGGACTTGGGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGTCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCt‑ggtgg > 2:1276611/1‑150 (MQ=255) ggACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGa < 1:345682/150‑1 (MQ=255) ggACTTGAGTAAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGa < 2:1723937/150‑1 (MQ=255) gACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGAc > 1:2249600/1‑150 (MQ=255) 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ggCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGTATGCGCCaaggcat < 2:1100661/150‑7 (MQ=255) ggCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGt > 2:1569060/1‑150 (MQ=255) ggCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGATGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGt < 1:1967478/150‑1 (MQ=255) ggCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCAGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttgtt > 1:1175683/1‑107 (MQ=255) ggCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCAGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttgtt < 2:1175683/107‑1 (MQ=255) gCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTg > 1:1723543/1‑150 (MQ=255) catggccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTgg < 2:2414034/131‑1 (MQ=255) catggccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTgg > 1:2414034/1‑131 (MQ=255) catggccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTgg > 2:2347038/1‑150 (MQ=255) gccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGc > 1:638509/1‑140 (MQ=255) gccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAAt > 1:201508/1‑150 (MQ=255) 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tttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCg < 2:603880/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCgg < 2:1411349/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCgg < 1:1632156/150‑1 (MQ=255) cacaAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATg < 1:1371408/150‑1 (MQ=255) cacaAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATg < 1:1274024/150‑1 (MQ=255) 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gACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGa > 2:2450672/1‑36 (MQ=255) gACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGa < 1:713709/141‑1 (MQ=255) gACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACg > 1:2383349/1‑150 (MQ=255) gACATTGCTAAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACg < 1:709134/150‑1 (MQ=255) caggttGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCtggaag > 2:1258130/5‑107 (MQ=38) caggttGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCtggaag < 1:1258130/103‑1 (MQ=38) aCATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACgg < 2:1723543/150‑1 (MQ=255) ggttGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCg > 2:555371/3‑79 (MQ=37) ggttGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCg < 1:555371/77‑1 (MQ=37) gggtGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATGTTGAGGGAACTGGCGCAAGCGTTTGCGGATGGGGGAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACggg > 1:281679/4‑150 (MQ=255) gttGCTCAACAACTCGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGgt > 1:1845533/2‑150 (MQ=255) gCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAgc > 1:531181/1‑137 (MQ=255) cTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTc < 2:1755340/150‑1 (MQ=255) cAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGa > 2:2431787/1‑150 (MQ=255) aaCGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACgg < 1:1039270/141‑1 (MQ=255) aaCGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACgg > 2:1039270/1‑141 (MQ=255) aaCGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAg > 1:174510/1‑150 (MQ=255) cGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGGGGGGGTGTTCGAGCg < 2:344438/150‑1 (MQ=255) cGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCg < 1:1368869/150‑1 (MQ=255) | CCGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAG‑CAACCT‑GGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCG > NC_002947/1622081‑1622378 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |