| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,632,135 | C→T | 5.2% | P283S (CCT→TCT) | lepA → | elongation factor 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,632,135 | 0 | C | T | 5.2% | 319.4 / 3.9 | 108 | P283S (CCT→TCT) | lepA | elongation factor 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/50); new base T (2/4); total (53/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGAA > NC_002947/1631988‑1632284 | gTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCt > 1:2069587/1‑150 (MQ=255)gTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCt > 1:2027754/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGt > 1:1675784/1‑150 (MQ=255) ggTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGa < 1:736404/150‑1 (MQ=255) ggTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGa < 1:198291/150‑1 (MQ=255) ggTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGa < 2:2112782/150‑1 (MQ=255) gTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAg < 1:672261/150‑1 (MQ=255) gACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACGCCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGCGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGgtg > 2:1406961/1‑150 (MQ=255) gACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGgtg > 2:218428/1‑150 (MQ=255) aCAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCTCAGGGGTCGAggaca < 2:1469485/150‑4 (MQ=255) cAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGtt < 2:2069587/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGc < 2:2027754/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATTGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCATATCTCGGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCa > 2:1378324/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCa < 2:825161/150‑1 (MQ=255) gtgtCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCt > 1:429457/1‑150 (MQ=255) gtgtCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCt > 2:1723883/1‑150 (MQ=255) gtCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTc < 2:1026603/150‑1 (MQ=255) tCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCaaga > 1:2105728/1‑150 (MQ=255) cACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCaagaa < 1:1351255/150‑1 (MQ=255) aCCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCaagaag < 1:2318668/150‑1 (MQ=255) cccGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGAt > 2:2280580/1‑150 (MQ=255) gAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCa > 1:3927/1‑150 (MQ=255) cccAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTc > 1:1803636/1‑131 (MQ=255) cccAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTc < 2:1803636/131‑1 (MQ=255) ccAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCGTCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAg > 1:844083/1‑115 (MQ=255) ccAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCGTCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAg < 2:844083/115‑1 (MQ=255) cAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTc > 2:1247666/1‑150 (MQ=255) aGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCt > 2:574468/1‑150 (MQ=255) gACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTa < 2:429457/150‑1 (MQ=255) aCCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTAc < 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atcGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGGCAGCTCCGACGACTTCTAg < 2:394039/150‑1 (MQ=255) tcGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAgg > 1:76128/1‑150 (MQ=255) ccAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTCGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGAtt > 2:366280/1‑150 (MQ=255) aGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTc < 1:1406961/150‑1 (MQ=255) aGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTc < 1:218428/150‑1 (MQ=255) 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ctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAg > 1:558975/1‑150 (MQ=255) ctgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTCCTTTTTGTGTCCCTGAACGACTCCTCGCTGCAg < 1:1880679/150‑1 (MQ=255) tgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGa > 2:2334191/1‑97 (MQ=255) tgTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGt > 2:1624999/1‑150 (MQ=255) tCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTAc > 1:1211638/1‑150 (MQ=255) tCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTAc > 1:508863/1‑150 (MQ=255) accTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAg < 2:2417582/47‑1 (MQ=18) accTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAg > 1:2417582/2‑48 (MQ=21) ccTCGACCTCAGGGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACa > 1:1327502/1‑150 (MQ=255) cTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACAt < 2:1477814/150‑1 (MQ=255) cTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACAt > 1:426246/1‑150 (MQ=255) tCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAg < 2:292686/117‑1 (MQ=255) tCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTAAGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAg > 1:292686/1‑117 (MQ=255) aCCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCg < 2:3927/150‑1 (MQ=255) aCCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCg < 1:2270032/150‑1 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCt < 2:1530707/120‑1 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCt > 1:1530707/1‑120 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAg > 2:2441419/1‑139 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAg < 1:2441419/139‑1 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGa > 1:799904/1‑150 (MQ=255) | GTGCACTTGGTCGACAGCGTCGGTGTCTTCACCCCGAAGCACACCCAGACCGCTGATCTGAAAGCCGGCGAAGTAGGCTTCATCATCGCCAGCATCAAGGACATCCACGGTGCCCCGGTTGGTGACACCCTGACCCTGTCCTCGACCCCTGAGGTCGAGGTGTTGCCAGGCTTCAAGAAGATTCAGCCGCAGGTCTACGCCGGCCTGTTCCCGGTCAGCTCCGACGACTTCGAGGATTTCCGCGACGCTCTGCAGAAGCTGACCCTGAACGACTCCTCGCTGCAGTACATGCCGGAA > NC_002947/1631988‑1632284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |