Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,642,306 | G→A | 5.9% | intergenic (‑92/+60) | PP_1442 ← / ← lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,642,306 | 0 | G | A | 5.9% | 351.2 / 4.6 | 121 | intergenic (‑92/+60) | PP_1442/lon‑I | hypothetical protein/DNA‑binding ATP‑dependent protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/52); new base A (6/2); total (67/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCGCAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAAGTC > NC_002947/1642159‑1642455 | gcgcAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGcc > 1:1461064/1‑150 (MQ=255) aaGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CACCTGCa > 1:2132613/1‑150 (MQ=255) aGCAGAAAGCAGGGCGAAGCGCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAg < 1:1602357/150‑1 (MQ=255) gCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAgg > 2:742145/1‑150 (MQ=255) aGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CACCTGCAcggg > 2:1714498/1‑150 (MQ=255) aaaGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTa < 2:914211/150‑1 (MQ=255) aGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGGGCACACGGGGAGATGTCACGGTGGCTCCGCCGGCATCGGAGGGTTATGTGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGc < 1:1224490/150‑1 (MQ=255) gCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCTGTTCCTGTCGCGACTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCa > 2:663425/1‑150 (MQ=255) 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agGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGc > 1:1449027/1‑150 (MQ=255) ggTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCATGAGGATACCCGATGATCAAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGTAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCg < 2:1250098/150‑1 (MQ=255) gTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCgg > 2:941910/1‑150 (MQ=255) gTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCCGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCgg < 1:742145/150‑1 (MQ=255) tCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGt < 1:2106202/150‑1 (MQ=255) 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atgatCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTg < 1:325617/150‑1 (MQ=255) gatCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGc < 2:454340/150‑1 (MQ=255) gatCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCATTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGGAGCG‑TACGCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGc > 1:649303/1‑150 (MQ=255) tCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAACGCTTGGCgc > 1:2202984/1‑149 (MQ=255) cGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGaa < 2:2327994/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTc < 2:2202521/106‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTc > 1:2202521/1‑106 (MQ=255) cTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑AGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGCCAGGCCTTc > 1:312809/1‑150 (MQ=255) ccGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACa < 1:1387966/93‑1 (MQ=255) ccGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACa > 2:1387966/1‑93 (MQ=255) ccGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCa < 2:939122/150‑1 (MQ=255) ggTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAg < 1:1990987/149‑1 (MQ=255) ggTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAg > 2:1990987/1‑149 (MQ=255) tCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACa < 2:769600/89‑1 (MQ=255) tCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACa > 1:769600/1‑89 (MQ=255) tttCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGAGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTc > 2:750626/1‑150 (MQ=255) tCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCa > 1:611999/1‑74 (MQ=255) tCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCa < 2:611999/74‑1 (MQ=255) cgcgAATAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCGGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCgg < 2:1751992/150‑1 (MQ=255) gcgAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGc > 2:1660039/1‑150 (MQ=255) cgAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCCAGTTTAACTAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCa > 2:1243729/1‑150 (MQ=255) gCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCAc < 2:784725/114‑1 (MQ=255) gCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCAc > 1:784725/1‑114 (MQ=255) cccG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCa < 2:2009850/112‑1 (MQ=255) cccG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCg > 2:497578/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCg > 1:936061/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCAc > 1:1760091/1‑85 (MQ=255) ccG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCAc < 2:1760091/85‑1 (MQ=255) ccG‑‑CACCTGCACGGGTACGC‑TACCCCTGCAGGCGCGGGCTTACTCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa > 2:881660/1‑150 (MQ=25) ccG‑‑CACCTGCACGGGTA‑CGCTACCCCTGCAGGCGCGGGCTTACTCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGa > 1:2191365/1‑150 (MQ=25) cg‑‑cgCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa < 1:967548/150‑1 (MQ=255) cg‑‑cgCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa < 1:49837/150‑1 (MQ=255) g‑‑cgcCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa < 1:2001520/149‑1 (MQ=255) g‑‑cgcCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGaa > 2:2001520/1‑149 (MQ=255) | GCGCAAGCAGAAAGCAGGGCGAAGCTCAGGGGAACGAGCAGACGAGGAGAGGTCATGGTGGCTCCGAAGGCTGGCGATGGCCTGAGGATACCCGATGATCGAGGAAATTTGTGCTGCCTGTGCCGGTCCTTTCGCGAGTAAGCCCG‑‑CGCCTGCAGGGGTAGCG‑TACCCGTGCAGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGGCGGTGCAGGCTAGAACAGCACTTTCGCCACGTCGGCAAAGCGCTTGGCGAAATGCACTGTCAGGCCTTCGCGCAGGTAGTCCGGCAGTTCTTCGAAGTC > NC_002947/1642159‑1642455 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |