| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,698,414 | G→A | 6.8% | Q40Q (CAG→CAA) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,414 | 0 | G | A | 6.8% | 320.4 / 8.6 | 111 | Q40Q (CAG→CAA) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/53); new base A (5/3); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGTTGTGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTCCACCGGG > NC_002947/1698265‑1698562 | tgttgtGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAg > 1:673492/1‑150 (MQ=255)tgttgtGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAg > 2:1197270/1‑150 (MQ=255) ttgtGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCg < 1:911944/150‑1 (MQ=255) 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tcGGTGCAACGCTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTc > 2:1763826/2‑150 (MQ=255) tcGGTGCAACGCTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCATAAACAGAACGTc > 2:1996546/2‑150 (MQ=255) gCGGTGCAGCGTTGCACAGCGCACTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTc < 1:154091/150‑1 (MQ=255) gTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTCCAc > 2:1231327/1‑150 (MQ=255) cAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACCGAACGTCCACCgg < 1:2133589/150‑1 (MQ=255) 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TGTTGTGGAACTGATCGGAGTTGCTCAGGGATGAAGATCGCCATCGTCAATGACATGCCCCTGGCCGTCGAAGCGTTGCGCCGGGCGGTCGCCCTGGAGCCCGCACACCAGGTCGTGTGGGTGGCCAGCAACGGTGCCGAGGCGGTGCAGCGTTGCACCGAGCAGTTACCGGA‑CCTGATCCTCATGGACCTGATCATGCCGGTGATGGACGGTGTCGAGGCAACCCGGCGGATCATGGCCGAAACCCCGTGCGCCATTGTCATCGTCACGGTCGACCGTAAACAGAACGTCCACCGGG > NC_002947/1698265‑1698562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |