| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,712,122 | A→T | 8.5% | intergenic (+71/‑187) | ppc → / → adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,712,122 | 0 | A | T | 8.5% | 236.1 / 11.9 | 82 | intergenic (+71/‑187) | ppc/adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/40); new base T (3/4); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
CGCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1711973‑1712271 | cGCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCa > 1:2429451/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGTCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAg < 1:2232693/150‑1 (MQ=255) gCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAg < 2:304664/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGTGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGTGAGGGCGGTTGCGCCAGgc < 2:774456/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCTGgc < 1:2111574/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGgc < 1:38236/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCATTGGTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGgc > 1:1519915/1‑150 (MQ=255) ggACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCa < 2:302428/150‑1 (MQ=255) gACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCaa < 1:120832/150‑1 (MQ=255) cAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCTGGCGCAAcc < 2:2383209/150‑1 (MQ=255) gCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGc < 2:2184746/150‑1 (MQ=255) cccGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGGGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGcc > 1:1918314/1‑150 (MQ=255) cccGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGcc > 2:1476767/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGc > 2:2165485/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGc > 1:220026/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTc < 1:949746/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCa > 2:33090/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAg < 2:2429451/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGcc < 2:2387740/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGc > 2:1347832/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAg < 2:220026/150‑1 (MQ=255) gTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGgc < 2:616278/150‑1 (MQ=255) gTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTc < 1:282359/150‑1 (MQ=255) gTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTc > 2:1740533/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCt < 2:303328/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACCCCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCaa < 1:1039220/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTAGTGAACTCTAGAGAGGGTTGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCaa < 1:1476767/150‑1 (MQ=255) tATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGgc > 2:2302266/1‑136 (MQ=255) tATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGgc < 1:2302266/136‑1 (MQ=255) tATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGAAACt > 1:1695245/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACttt < 1:2165485/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACttt > 1:88803/1‑150 (MQ=255) tGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTg < 1:1191307/150‑1 (MQ=255) gccgGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGAc > 2:189719/1‑150 (MQ=255) tGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCACCTTTGAGACCCTGGTc > 2:1956753/1‑150 (MQ=255) acCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑Gcc > 1:1809881/1‑150 (MQ=255) ggCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAAc < 1:712953/85‑1 (MQ=255) ggCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAAc > 2:712953/1‑85 (MQ=255) ggCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCgg < 2:1543010/96‑1 (MQ=255) ggCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTAGGGGACGCGTGTCTGTCT‑GCCggg > 2:1721358/1‑150 (MQ=255) ctcTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGACTGCCCgg > 1:1543010/3‑96 (MQ=255) gggCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCtgt < 2:2012700/150‑1 (MQ=255) gCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGCGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTntgt < 2:1519915/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTAt < 1:33090/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCt > 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ggTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGa < 2:2393859/150‑1 (MQ=255) gTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGAc < 1:1235751/150‑1 (MQ=255) cGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGCTGCGAGACACGCCACGGCCTGCCCGGTCAGCCGCATGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGAt > 1:415577/1‑150 (MQ=255) ggCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGAtt > 1:1370133/1‑150 (MQ=255) ggCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGAtt > 2:1607665/1‑150 (MQ=255) 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aTACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATg < 2:2437149/150‑1 (MQ=255) ccGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGGTTTATGGTCATAcc > 2:2118278/1‑150 (MQ=255) cGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATAccc > 1:1088768/1‑150 (MQ=255) gCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGa < 2:349514/150‑1 (MQ=255) aaGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGAtttt > 2:1915462/1‑150 (MQ=255) ggACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTg < 2:830407/74‑1 (MQ=255) 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CGCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCT‑GCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1711973‑1712271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |